kyoroski: 7月 2010

2010/07/31

[GAMESS] vinyltrimethylsilane

GAMESS calculation results - kyoroski

ビニルトリメチルシランのHOMO近辺の準位の軌道。
DFT, B3LYP/6-31G(d)で構造最適化＆計算。

ここから入力ファイルの中身-----
! DFT, B3LYP/6-31G(d), optimization
$CONTRL DFTTYP=B3LYP SCFTYP=RHF RUNTYP=OPTIMIZE $END
$SYSTEM TIMLIM=600000 MEMORY=80000000 $END
$STATPT OPTTOL=0.0001 NSTEP=100 PROJCT=.FALSE. $END
$BASIS GBASIS=N31 NGAUSS=6 NDFUNC=1 $END
$GUESS GUESS=HUCKEL $END
$SCF DIRSCF =.TRUE. $END

$DATA

C1
C 6.0 -6.8584821181 1.6923807689 0.1245510883
C 6.0 -5.7099800692 2.3791977246 0.0984776822
H 1.0 -7.8107056346 2.2159603864 0.1599326887
H 1.0 -6.8977293857 0.6074050419 0.1120264836
Si 14.0 -3.9953385200 1.6612977132 0.0377730396
C 6.0 -4.0447951294 -0.2125254386 -0.0160198148
C 6.0 -3.0475000773 2.2099797017 1.5633365488
C 6.0 -3.1188364486 2.2992592109 -1.4958229862
H 1.0 -3.6523835088 1.9949653412 -2.4012504158
H 1.0 -2.1004829889 1.9029036724 -1.5493534025
H 1.0 -3.0603694398 3.3917186777 -1.4824106060
H 1.0 -4.5404956877 -0.6153093406 0.8723483950
H 1.0 -3.0308165399 -0.6220170228 -0.0537806704
H 1.0 -4.5855561362 -0.5631417661 -0.9002118309
H 1.0 -3.5384883615 1.8525278277 2.4734047757
H 1.0 -2.9884368422 3.3014497418 1.6110361341
H 1.0 -2.0282049614 1.8127999363 1.5460444152
H 1.0 -5.7279688223 3.4647495957 0.1128410703
$END
ここまで-----

最適化構造。
↓HOMO (-6.94 eV)。

↓LUMO (+0.22 eV)。

モデリング: Avogadro
http://avogadro.openmolecules.net/wiki/Main_Page
軌道計算: GAMESS-US
http://www.msg.chem.iastate.edu/gamess/
軌道表示: MacMolPlt
http://www.scl.ameslab.gov/MacMolPlt/

2010/07/30

第15回みんなよくできました

飢餓状態にすることも悪くないのかもしれない（ぉぃ

☆Done
TDDFT16ジョブ解析・6ジョブ投入、ディスカッション、論文・スライド作成、ゼミ（抄録会・雑誌会）、その他雑務。

☆レガシーメディア
「米国は日本型デフレに近い」セントルイス連銀総裁
「米セントルイス連銀のブラード総裁は29日発表した論文で、米経済について『歴史上で最も（デフレに苦しむ）日本型に近づいている』と指摘し、強い警戒感を表明した。」
http://www.nikkei.com/news/headline/article/g=96958A9C9381959CE1E2E2E2EB8DE1E2E2E5E0E2E3E2E2E2E2E2E2E2
↑バランスシート不況

ＮＥＤＯ、次世代バイオ燃料開発プロ８件を採択（化学工業日報）
http://www.chemicaldaily.co.jp/news/201007/30/04101_4238.html

６月失業率５・３％、４カ月連続で悪化　雇用置き去り鮮明（SankeiBiz）
http://www.sankeibiz.jp/macro/news/100730/mca1007300835006-n1.htm
↑遅行指標ですから

ピーエムティー、高精度で低価格な半導体製造装置を開発（日刊工業新聞）
http://www.nikkan.co.jp/news/nkx0120100730aaac.html

パナソニックとソニー、通期予想を上方修正（日刊工業新聞）
http://www.nikkan.co.jp/news/nkx0320100730agah.html

半導体・電子部品各社の４―６月期、業績が急回復（日刊工業新聞）
http://www.nikkan.co.jp/news/nkx0320100730bjab.html

阪大・東大など、ＲＮＡが標的分子と結合する新しい仕組みを解明（日刊工業新聞）
http://www.nikkan.co.jp/news/nkx0720100730eaai.html

静岡理工科大、来年２月に「先端機器分析センター」を新設（日刊工業新聞）
http://www.nikkan.co.jp/news/nkx0720100730ecad.html

☆Weblog
第937回　決算集中（代表戸締役 ◆jJEom8Ii3Eの妄言）
http://blogs.yahoo.co.jp/daitojimari/61281973.html

☆論文・総説
Radical stability and its role in synthesis and catalysis
http://www.rsc.org/Publishing/Journals/OB/article.asp?doi=c004166a

PyOxP and PyOxB: the Oxyma-based novel family of phosphonium salts
http://www.rsc.org/Publishing/Journals/OB/article.asp?doi=c003719b

[GAMESS] methyl vinyl sulfide

GAMESS calculation results - kyoroski

メチルビニリスルフィドのHOMO近辺の準位の軌道。
DFT, B3LYP/6-31G(d)で構造最適化＆計算。

ここから入力ファイルの中身-----
! DFT, B3LYP/6-31G(d), optimization
$CONTRL DFTTYP=B3LYP SCFTYP=RHF RUNTYP=OPTIMIZE $END
$SYSTEM TIMLIM=600000 MEMORY=80000000 $END
$STATPT OPTTOL=0.0001 NSTEP=50 PROJCT=.FALSE. $END
$BASIS GBASIS=N31 NGAUSS=6 NDFUNC=1 $END
$GUESS GUESS=HUCKEL $END
$SCF DIRSCF =.TRUE. $END

$DATA

C1
C 6.0 -4.7344889085 2.3553698840 -0.3468227774
C 6.0 -3.5969295893 2.7925273250 0.2021234311
H 1.0 -5.6128296856 2.9906767010 -0.3780628515
H 1.0 -4.8219503229 1.3614999892 -0.7763419496
H 1.0 -3.5536583948 3.7943947407 0.6204637134
S 16.0 -2.1897422824 1.7908880135 0.2585995285
C 6.0 -1.0359862287 2.8929669896 1.1075370808
H 1.0 -1.4132921778 3.1510624177 2.1010079515
H 1.0 -0.8841150214 3.8085519350 0.5291043418
H 1.0 -0.0723715659 2.3893290767 1.2212967875
$END
ここまで-----

最適化構造。
↓HOMOよりひとつ低い軌道 (-8.38 eV)。

↓HOMO (-5.48 eV)。

↓LUMO (+0.55 eV)。

モデリング: Avogadro
http://avogadro.openmolecules.net/wiki/Main_Page
軌道計算: GAMESS-US
http://www.msg.chem.iastate.edu/gamess/
軌道表示: MacMolPlt
http://www.scl.ameslab.gov/MacMolPlt/

2010/07/29

第14回早くもマイナビの人がM1向けのチラシを持ってくる

ためこんでいた配当受領書を持って銀行と郵便局へ。

☆Done
TDDFT22ジョブ解析、12ジョブ投入、ディスカッション、論文・スライド作成、元素分析1サンプル依頼、ラボWebシステム改良、その他雑務。

☆レガシーメディア
三菱化学、ＬＥＤなど省エネ型照明事業立ち上げ急ピッチ（化学工業日報）
http://www.chemicaldaily.co.jp/news/201007/29/04601_2121.html

三井物産、内モンゴルで電解－ＰＶＣチェーン事業化（化学工業日報）
http://www.chemicaldaily.co.jp/news/201007/29/02201_2121.html
↑電力源

走行距離180万キロ＝欠陥だらけの二階建てバス押収―ベルリン
「ラトビアのバスで、27日に市南西部で見つかった。車体はさび付き、フロントガラスに大きなひびが入っていたのに加え、ブレーキに欠陥があり、タイヤはすり減っていた。また、トランクルームに予備の燃料タンクが備え付けられていた。」
http://headlines.yahoo.co.jp/hl?a=20100729-00000016-jij-int
↑怖すぎる

東大、世界５大学と工学部長フォーラム立ち上げ（日刊工業新聞）
http://www.nikkan.co.jp/news/nkx0720100729eaad.html

内外の金相場、下落－ＮＹ金８月ぎり１１５８ドルと大幅続落（日刊工業新聞）
http://www.nikkan.co.jp/news/nkx1220100729ddaf.html

☆Weblog
2010年第2四半期　国産ナフサ基準価格（化学業界の話題）
「第2四半期の国産ナフサ基準価格は49,700円となり、前期比2,000円のアップとなった。
なお、5月の通関金額が修正されている。」
http://knak.cocolog-nifty.com/blog/2010/07/20102-a88a.html

第936回　クレジットクランチからバランスシート不況に　欧州の負の連鎖（代表戸締役 ◆jJEom8Ii3Eの妄言）
http://blogs.yahoo.co.jp/daitojimari/61273655.html

☆論文・総説
Understanding the Ring-Opening Reaction of alpha-Amino Acid N-Carboxyanhydride in an Amine-Mediated Living Polymerization: A DFT Study
http://www3.interscience.wiley.com/journal/123567023/abstract

Synthesis and structures of platinum diphenylacetylene and dithiolate complexes bearing diphosphinidenecyclobutene ligands (DPCB-Y)
http://www.rsc.org/Publishing/Journals/NJ/article.asp?doi=c0nj00118j
↑今回のNew. J. Chem.はリン祭り。

Synthesis of dihydroxyoligophenylenes containing π-deficient or π-excess hetero-aromatic rings and their solvatochromic behavior
http://dx.doi.org/10.1016/j.tet.2010.06.087
↑山口先生

[GAMESS] vinylphosphine

GAMESS calculation results - kyoroski

ビニルホスフィンのHOMO近辺の準位の軌道。
DFT, B3LYP/6-31G(d)で構造最適化＆計算。

ここから入力ファイルの中身-----
! DFT, B3LYP/6-31G(d), optimization
$CONTRL DFTTYP=B3LYP SCFTYP=RHF RUNTYP=OPTIMIZE $END
$SYSTEM TIMLIM=600000 MEMORY=80000000 $END
$STATPT OPTTOL=0.0001 NSTEP=50 PROJCT=.FALSE. $END
$BASIS GBASIS=N31 NGAUSS=6 NDFUNC=1 $END
$GUESS GUESS=HUCKEL $END
$SCF DIRSCF =.TRUE. $END

$DATA

C1
C 6.0 -4.6191643576 1.7390264135 -0.1159079403
C 6.0 -3.4733127382 2.3938423623 0.0964945462
H 1.0 -5.5703699783 2.2540821981 -0.0186641654
H 1.0 -4.6553960176 0.6893648962 -0.3919351461
H 1.0 -3.5005778640 3.4467030401 0.3657006800
P 15.0 -1.8938664538 1.5347188894 -0.0734632485
H 1.0 -2.2560237660 0.2638942764 0.4337961448
H 1.0 -1.2154915650 2.0884002329 1.0386810557
$END
ここまで-----

最適化構造。
↓HOMOよりひとつ低い軌道 (-8.00 eV)。

↓HOMO (-6.45 eV)。

↓LUMO (+0.08 eV)。

モデリング: Avogadro
http://avogadro.openmolecules.net/wiki/Main_Page
軌道計算: GAMESS-US
http://www.msg.chem.iastate.edu/gamess/
軌道表示: MacMolPlt
http://www.scl.ameslab.gov/MacMolPlt/

2010/07/28

第13回大学院入学試験（口述試験）

日経BPオンラインの記事というのは、ふつうの人がふつうに成長するのには有益なのかもしれません。私のような偏屈にはちょっと物足りなくなりました。

☆Done
TDDFT18ジョブ解析・1ジョブ投入、ディスカッション、論文・スライド作成、その他雑務。

☆レガシーメディア
和光純薬、有機合成用超脱水溶媒の品揃え拡充（化学工業日報）
http://www.chemicaldaily.co.jp/news/201007/28/01602_2131.html
↑研究費が潤沢であれば

ＮＥＣトーキン、電磁鋼板と同等の高い磁束密度・低い鉄損の磁性材料を開発（日刊工業新聞）
http://www.nikkan.co.jp/news/nkx0320100728bjad.html

乗用車８社の上期実績、全社が前年同期超え（日刊工業新聞）
http://www.nikkan.co.jp/news/nkx0420100728beai.html
↑前年同期比ですから

エネ庁、工業炉などの燃料の天然ガス転換を促進（日刊工業新聞）
http://www.nikkan.co.jp/news/nkx0520100728abab.html
↑最終的には電気炉？

レーザプラットフォーム協議会、レーザー加工人材育成で経産省・大学と連携（日刊工業新聞）
http://www.nikkan.co.jp/news/nkx0620100728hiae.html

住友化、高分子系青色発光材の実用化にめど（日刊工業新聞）
http://www.nikkan.co.jp/news/nkx0820100728cbad.html
↑たぶん長い道のり

和歌山大、来月に産学官交流会－地域企業と連携強化（日刊工業新聞）
http://www.nikkan.co.jp/news/nkx1420100728hmaj.html

☆Weblog
特許年次報告２０１０（アマチュアサイエンティスト）
「特許庁長官が、大手企業やセミナーに出向いて、「審査が追いつきませんから、無駄な出願はしないでちょ」と話てるんだから、減って万々歳じゃねえの」
http://page-only-one.cocolog-nifty.com/imotora7/2010/07/post-12c0.html
↑数より質、あと、請求項数/件も。

集中豪雨（Happy-Hassyどっとネット）
http://blog.livedoor.jp/happy_hassy/
↑私がの政党を支持するかは置いておいて、今の民主党の議員に足りないのは「経営者感覚」だと思います。「国民の目線=従業員の目線」になってしまっているように、私には見えます。経営者の意見を聞かないでいると、雇用がなくなります。
文科省も予算1割削減ですか。やだなぁ。

第935回　チャイナバブル（代表戸締役 ◆jJEom8Ii3Eの妄言）
http://blogs.yahoo.co.jp/daitojimari/61265530.html
↑ダムも気になります。

BP、第2四半期決算とCEO更迭を発表（化学業界の話題）
http://knak.cocolog-nifty.com/blog/2010/07/bp2ceo-88d2.html

☆論文・総説
Aromatic Ring-Fused Carborane-Based Luminescent -Conjugated Polymers
http://www3.interscience.wiley.com/journal/123556977/abstract

Mesoporous Silica Supported Multiple Single-Site Catalysts and Polyethylene Reactor Blends with Tailor-Made Trimodal and Ultra-Broad Molecular Weight Distributions
http://www3.interscience.wiley.com/journal/123548572/abstract

SET-RAFT Polymerization of Progargyl Methacrylate and a One-Pot/One-Step Preparation of Side-chain Functionalized Polymers via Combination of SET-RAFT and Click Chemistry
http://www3.interscience.wiley.com/journal/123429200/abstract

[GAMESS] acetaldehyde imine

アセトアルデヒドイミンのHOMO近辺の準位の軌道。
DFT, B3LYP/6-31G(d)で構造最適化＆計算。

ここから入力ファイルの中身-----
! DFT, B3LYP/6-31G(d), optimization
$CONTRL DFTTYP=B3LYP SCFTYP=RHF RUNTYP=OPTIMIZE $END
$SYSTEM TIMLIM=600000 MEMORY=80000000 $END
$STATPT OPTTOL=0.0001 NSTEP=200 PROJCT=.FALSE. $END
$BASIS GBASIS=N31 NGAUSS=6 NDFUNC=1 $END
$GUESS GUESS=HUCKEL $END
$SCF DIRSCF =.TRUE. $END

$DATA

C1
C 6.0 -4.5383389061 2.0443695454 -0.0359244333
C 6.0 -3.2413144122 2.7772410808 0.0906911741
H 1.0 -5.2813067771 2.7144155669 -0.4762469490
H 1.0 -4.8781345057 1.7525967421 0.9611966067
H 1.0 -4.4272779962 1.1560296202 -0.6614733410
N 7.0 -2.1717235271 2.3529870438 -0.4916771137
H 1.0 -3.2313652349 3.6951623550 0.7010186423
H 1.0 -1.3878834669 2.9851882377 -0.2886207741
$END
ここまで-----

最適化構造。
↓HOMOよりひとつ低い軌道 (-8.22 eV)。イミンのπ軌道。

↓HOMO (-6.97 eV)。窒素原子の非共有電子対。

↓LUMO (+0.22 eV)。イミンのπ*軌道。

モデリング: Avogadro
http://avogadro.openmolecules.net/wiki/Main_Page
軌道計算: GAMESS-US
http://www.msg.chem.iastate.edu/gamess/
軌道表示: MacMolPlt
http://www.scl.ameslab.gov/MacMolPlt/

2010/07/27

第12回濡れタオルが冷マフラーと化してます

↓拾い物。
RT @nakamukae: 142 名前：名無しさんだよもん [sage] 投稿日： 04/08/19 20:44 ID:sz3r3QQg 某国公立大学（俺が行ってるとこ）で、昔「なんでも持ち込み可」のドイツ語試験でドイツ人を持ち込んだツワモノがいた

☆Done
TDDFT35ジョブ解析・1ジョブ投入、ディスカッション、論文・スライド作成、その他実験・雑務。

☆レガシーメディア
三菱化学、ＥＯ・ＥＧの収益力向上に注力（化学工業日報）
http://www.chemicaldaily.co.jp/news/201007/27/01202_2121.html

ニッパン、ＬＥＤ光源でフラット照明技術の用途開拓（化学工業日報）
http://www.chemicaldaily.co.jp/news/201007/27/02201_2131.html

オリジン電気、近赤外線８０％超反射する遮熱塗料発売（化学工業日報）
http://www.chemicaldaily.co.jp/news/201007/27/01601_2131.html

島津メクテム、小型・軽量の液体移送用ギヤポンプ販売（化学工業日報）
http://www.chemicaldaily.co.jp/news/201007/27/03301_2131.html

北海道電力、伊達市でソーラー発電所建設に着工（化学工業日報）
http://www.chemicaldaily.co.jp/news/201007/27/04101_2138.html

三菱電、家庭向けスマートグリッド実証へ蓄熱システム導入（日刊工業新聞
http://www.nikkan.co.jp/news/nkx0320100727aaag.html

ライオン事務器など、アルコール検知器と連動した重要物管理ボックス発売（日刊工業新聞）
http://www.nikkan.co.jp/news/nkx1120100727aaac.html

東京のＨ形鋼、続落－荷動き悪化・在庫増で店売り販価引き下げ（日刊工業新聞）
http://www.nikkan.co.jp/news/nkx1220100727ddac.html

☆Weblog
第934回　冷たい視線（代表戸締役 ◆jJEom8Ii3Eの妄言）
http://blogs.yahoo.co.jp/daitojimari/61257421.html

☆論文・総説
Unusual Specificity of a Receptor for Nd3+ Among Other Lanthanide Ions for Selective Colorimetric Recognition
http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/ic100236c

Monomeric and Dimeric Disulfide Complexes of Nickel(II)
http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/ic101242c

Synthesis and Properties of a Family of Unsymmetric Dinuclear Complexes of LnIII (Ln = Eu, Gd, Tb)
http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/ic1008285

Biphenylnitrile-Based Self-Assembled Monolayers on Au(111): Spectroscopic Characterization and Resonant Excitation of the Nitrile Tail Group
http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/jp1045386

Mechanistic Origins of Hierarchical Order in Organic Monolayers Deposited From Liquid Crystal Solvents
http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/jp103052p

Small-Angle Orientational Motions of Spin-Labeled Lipids in Cholesterol-Containing Bilayers Studied at Low Temperatures by Electron Spin Echo Spectroscopy
http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/jp1043927

Synthesis and structural characterization of a homoleptic cerium(III) propiolamidinate
http://dx.doi.org/10.1016/j.jorganchem.2010.05.009

[GAMESS] vinylamine

ビニルアミンのπ軌道。
DFT, B3LYP/6-31G(d)で構造最適化＆計算。
この次は「アセトアルデヒドイミン」。

ここから入力ファイルの中身-----
! DFT, B3LYP/6-31G(d), optimization
$CONTRL DFTTYP=B3LYP SCFTYP=RHF RUNTYP=OPTIMIZE $END
$SYSTEM TIMLIM=600000 MEMORY=80000000 $END
$STATPT OPTTOL=0.0001 NSTEP=50 PROJCT=.FALSE. $END
$BASIS GBASIS=N31 NGAUSS=6 NDFUNC=1 $END
$GUESS GUESS=HUCKEL $END
$SCF DIRSCF =.TRUE. $END

$DATA

C1
C 6.0 -2.7324885692 -4.1594643413 0.0053927778
C 6.0 -1.4018641494 -4.1746489426 -0.0769892683
H 1.0 -3.2693660462 -3.2217620405 0.0978335134
H 1.0 -3.3163663176 -5.0727259215 -0.0302013774
N 7.0 -0.6141734564 -5.2827219127 -0.2059291270
H 1.0 -0.8401108481 -3.2417747955 -0.0531553500
H 1.0 -1.0756632959 -6.1554060567 0.0377977776
H 1.0 0.3057384731 -5.1904903845 0.2182349519
$END
ここまで-----

最適化構造。窒素原子と結合している水素原子は他の原子からなる同一平面上にはないのですね。
↓HOMO (-5.36 eV)。

↓LUMO (+1.50 eV)。

モデリング: Avogadro
http://avogadro.openmolecules.net/wiki/Main_Page
軌道計算: GAMESS-US
http://www.msg.chem.iastate.edu/gamess/
軌道表示: MacMolPlt
http://www.scl.ameslab.gov/MacMolPlt/

2010/07/26

第11回雷雲襲来・キャンパス停電

停電は復旧したが、復旧時に何か変なことになっていないかが気になる。TDDFTジョブが死ぬ、最初からやりなおし。

☆Done
TDDFT11ジョブ解析・52ジョブ投入、ディスカッション、論文・スライド作成、ゼミ（輪講）、その他実験・雑務。

☆レガシーメディア
三菱樹脂、植物工場の超多収型システム実証（化学工業日報）
http://www.chemicaldaily.co.jp/news/201007/26/02801_2121.html

旭硝子、鹿島工場の建築用板ガラスがフル稼働（化学工業日報）
http://www.chemicaldaily.co.jp/news/201007/26/01401_2125.html

風力・地熱なども再生可能エネ全量買取制度対象に（化学工業日報）
http://www.chemicaldaily.co.jp/news/201007/26/04101_4138.html

佐々木化学薬品、ノンシアンの銀メッキ液を発売（化学工業日報）
http://www.chemicaldaily.co.jp/news/201007/26/01601_2131.html

旭化成ケミカルズ、添加剤のグローバル展開強化（化学工業日報）
http://www.chemicaldaily.co.jp/news/201007/26/01201_2121.html

中国の波　石化再編序章　大型施設続々、急ぐ抜本策（SankeiBiz）
http://www.sankeibiz.jp/econome/news/100726/eca1007260504005-n1.htm

パナホーム、ＣＯ２±ゼロ住宅研究棟を本社工場に完成（日刊工業新聞）
http://www.nikkan.co.jp/news/nkx0920100726ceai.html

東レ、リサイクルＰＥＴの人工皮革を北米で車向けに投入（日刊工業新聞）
http://www.nikkan.co.jp/news/nkx0820100726cbal.html

三菱化学、ポリエステル繊維原料事業をシンガポール本社に株集約（日刊工業新聞）
http://www.nikkan.co.jp/news/nkx0820100726cbai.html

長州産業、単結晶シリコンの太陽電池の新工場建設－ウエハー・セル一貫生産（日刊工業新聞）
http://www.nikkan.co.jp/news/nkx0820100726caal.html

京大など、紫外光使いガスを吸着させる多孔性物質を開発（日刊工業新聞）
http://www.nikkan.co.jp/news/nkx0720100726eaah.html

☆Weblog
大連新港の石油パイプライン爆発事故原因判明（化学業界の話題）
http://knak.cocolog-nifty.com/blog/2010/07/post-296f.html

第９３３回　ストレステストの反響（代表戸締役 ◆jJEom8Ii3Eの妄言）
http://blogs.yahoo.co.jp/daitojimari/61246674.html

☆論文・総説
Nickel/Lewis Acid-Catalyzed Cyanoesterification and Cyanocarbamoylation of Alkynes
http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/ja102346v
↑ルイス酸を使うのがカギ。

Carbon Dioxide Reduction by Terminal Tantalum Hydrides: Formation and Isolation of Bridging Methylene Diolate Complexes
http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/ja104761n
↑アザメタラシクロプロパン構造

Discrete and Active Enzyme Nanoarrays on DNA Origami Scaffolds Purified by Affinity Tag Separation
http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/ja104702q
↑小宮山先生

Highly Tunable Photoluminescent Properties of Amphiphilic Conjugated Block Copolymers
http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/ja1004569
↑塊魂・カラフルハート

Practical Synthetic Approach to Chiral Sulfonimides (CSIs) - Chiral Brønsted Acids for Organocatalysis
http://www3.interscience.wiley.com/journal/123530042/abstract
↑檜山先生

[GAMESS] methyl vinyl ether

メチルビニルエーテルのπ軌道。
DFT, B3LYP/6-31G(d)で構造最適化＆計算。

ここから入力ファイルの中身-----
! DFT, B3LYP/6-31G(d), optimization
$CONTRL DFTTYP=B3LYP SCFTYP=RHF RUNTYP=OPTIMIZE $END
$SYSTEM TIMLIM=600000 MEMORY=80000000 $END
$STATPT OPTTOL=0.0001 NSTEP=200 PROJCT=.FALSE. $END
$BASIS GBASIS=N31 NGAUSS=6 NDFUNC=1 $END
$GUESS GUESS=HUCKEL $END
$SCF DIRSCF =.TRUE. $END

$DATA

C1
C 6.0 -4.2103407626 1.6431718127 -0.0007207995
C 6.0 -2.9111329435 1.9433228652 0.0014123505
O 8.0 -1.9543430554 0.9685586360 0.0085431260
H 1.0 -4.9647963984 2.4210131713 -0.0058777235
H 1.0 -4.5395848420 0.6092034932 0.0027902204
H 1.0 -2.5531372211 2.9652586873 -0.0014979945
C 6.0 -0.6316526853 1.4985891096 -0.0045742525
H 1.0 0.0708750904 0.6604539175 0.0007173250
H 1.0 -0.4482166110 2.1072002285 0.8874961338
H 1.0 -0.4581495857 2.0876048439 -0.9116622913
$END
ここまで-----

最適化構造。
↓HOMO (-5.85 eV)。

↓LUMO (+1.14 eV)。

モデリング: Avogadro
http://avogadro.openmolecules.net/wiki/Main_Page
軌道計算: GAMESS-US
http://www.msg.chem.iastate.edu/gamess/
軌道表示: MacMolPlt
http://www.scl.ameslab.gov/MacMolPlt/

2010/07/24

[GAMESS] fullerene C60

DFT calculation [B3LYP/6-31G(d)] of fullerrene C60 was carried out to view some π orbitals. The structure of C60 in this post is not DFT-optimized but MM-optimized.

The lowest π orbital i could find (-13.82 eV)

HOMO (-5.06 eV).

LUMO (-4.63 eV).

Structure construction and MM-optimization: Avogadro
http://avogadro.openmolecules.net/wiki/Main_Page
Energy calculation GAMESS-US
http://www.msg.chem.iastate.edu/gamess/
Structure and orbital display: MacMolPlt
http://www.scl.ameslab.gov/MacMolPlt/

2010/07/23

第10回一昨年の機器展でもらったRigakuのウチワが手放せない

今日の頑張りは明日の肥やし。
濡れタオルを首に巻いて暑さをしのぐ。

☆Done
TDDFT18ジョブ解析、ディスカッション、論文・スライド作製、論文読み8報、元素分析サンプル再再
提出、ゼミ（抄録会・雑誌会）、その他実験・雑務。

☆レガシーメディア
エチレン生産、上期６％増の３３５万トン（化学工業日報）
http://www.chemicaldaily.co.jp/news/201007/23/01201_4435.html

太陽熱発電　官民事業２５年ぶり“日の目”（SankeiBiz）
http://www.sankeibiz.jp/business/news/100723/bsd1007230500001-n1.htm

１１年度予算の概算要求基準、成長分野に２兆円特別枠－政府・民主が合意（日刊工業新聞）
http://www.nikkan.co.jp/news/nkx1520100723abaa.html

亜鉛の国際価格が上昇、上海株式堅調など買い優勢（日刊工業新聞）
http://www.nikkan.co.jp/news/nkx1220100723ddac.html

ＮＥＤＯ、初の「再生エネ白書」－太陽光発電が有望（日刊工業新聞）
http://www.nikkan.co.jp/news/nkx0820100723abak.html

高圧ガス保安協会、水素ステーションにおける基準整備の研究に着手（日刊工業新聞）
http://www.nikkan.co.jp/news/nkx0520100723caaf.html

パナソニック、ＧａＮトランジスタ開発－ミリ波での長距離無線通信を可能に（日刊工業新聞）
http://www.nikkan.co.jp/news/nkx0320100723bjan.html

日立、液晶プロジェクター事業で新興国を開拓（日刊工業新聞）
http://www.nikkan.co.jp/news/nkx0320100723bjad.html

コマツ、東大との共同研究に若手研究者を起用（日刊工業新聞）
http://www.nikkan.co.jp/news/nkx0120100723bbaa.html

☆Weblog
原油流出事故のその後ー上院小委員会公聴会と原油流出事故対応会社設立（化学業界の話題）
http://knak.cocolog-nifty.com/blog/2010/07/post-c6c8.html

第931回　ストレステスト　米国経済に二番底の可能性（代表戸締役 ◆jJEom8Ii3Eの妄言）
http://blogs.yahoo.co.jp/daitojimari/61219208.html

☆論文・総説
Evidence of preferential -stacking: a study of intermolecular and intramolecular charge transfer complexes
http://www.rsc.org/Publishing/Journals/CC/article.asp?doi=c0cc00249f

Nucleophilic Silylenoid Character of Stable Phosphonium Sila-ylides
http://www3.interscience.wiley.com/journal/123563133/abstract

Reactions of Alkynes with [RuCl(cyclopentadienyl)] Complexes: The Important First Steps
http://www3.interscience.wiley.com/journal/123563130/abstract

[GAMESS] 1,4-cyclopentadiyne

歪んだアルキン、1,4-シクロペンタジインのπ軌道。
DFT, B3LYP/6-31G(d)で構造最適化＆計算。

ここから入力ファイルの中身-----
! DFT, B3LYP/6-31G(d), optimization
$CONTRL DFTTYP=B3LYP SCFTYP=RHF RUNTYP=OPTIMIZE $END
$SYSTEM TIMLIM=600000 MEMORY=80000000 $END
$STATPT OPTTOL=0.0001 NSTEP=50 PROJCT=.FALSE. $END
$BASIS GBASIS=N31 NGAUSS=6 NDFUNC=1 $END
$GUESS GUESS=HUCKEL $END
$SCF DIRSCF =.TRUE. $END

$DATA

C1
C 6.0 -4.8147957003 3.9778479754 -0.0721083798
C 6.0 -5.7037668165 2.7623928428 -0.0081781918
C 6.0 -5.3996805214 1.5957418318 0.0523948984
C 6.0 -4.0301013891 0.9673318718 0.0846698690
C 6.0 -3.1411302676 2.1827846431 0.0206959948
H 1.0 -3.8725818826 0.3146741899 -0.7788388245
H 1.0 -3.8717230232 0.4079965744 1.0106240766
C 6.0 -3.4452165717 3.3494356518 -0.0398770952
H 1.0 -4.9723084721 4.6304784058 0.7913754943
H 1.0 -4.9731807084 4.5372073533 -0.9980898864
$ENDここまで-----

最適化構造。炭素原子が同一平面上にあります。水素原子は別の同一平面上に。
↓HOMO (-6.04 eV)。

↓LUMO (-3.10 eV)。

モデリング: Avogadro
http://avogadro.openmolecules.net/wiki/Main_Page
軌道計算: GAMESS-US
http://www.msg.chem.iastate.edu/gamess/
軌道表示: MacMolPlt
http://www.scl.ameslab.gov/MacMolPlt/

2010/07/22

第9回タオラーて死語ですか？

☆Done
TDDFT21ジョブ解析、修論ディスカッション、論文・スライド作製、論文読み15報、元素分析1勝1敗、その他雑務。

☆レガシーメディア
三井化学、ＦＩ触媒活用で相次ぎ新材料実用化へ（化学工業日報）
http://www.chemicaldaily.co.jp/news/201007/22/01201_2131.html

７月の月例経済報告、「自立的回復いま一歩」－弱含みの指標増える（日刊工業新聞）
http://www.nikkan.co.jp/news/nkx1520100722abad.html

銅の国際価格上昇、７０００ドルへ値戻し展開も（日刊工業新聞）
http://www.nikkan.co.jp/news/nkx1220100722ddai.html

海外技術／スイス連邦材料試験研究所、ナノリボン製造（日刊工業新聞）
http://www.nikkan.co.jp/news/nkx0720100722eaah.html

名古屋工大、ニオブ系圧電セラミックスの簡易製法を確立（日刊工業新聞）
http://www.nikkan.co.jp/news/nkx0720100722eaab.html

☆Weblog
[6+4] and [4+2] cycloadditions: Unusual potential energy surfaces (Computational Organic Chemistry)
http://comporgchem.com/blog/?p=1020

第930回　ストレステストへの期待（代表戸締役 ◆jJEom8Ii3Eの妄言）
http://blogs.yahoo.co.jp/daitojimari/61211154.html

☆論文・総説
One-pot reductive cleavage of exo-olefin to methylene with a mild ozonolysis-Clemmensen reduction sequence
http://dx.doi.org/10.1016/j.tetlet.2010.06.102

Facile aerobic photo-oxidative syntheses of α,α-dibromoacetophenones from aromatic alkynes with 48% aq HBr
http://dx.doi.org/10.1016/j.tetlet.2010.06.120

[GAMESS] norbornyne

歪んだアルキン、ノルボルニンのπ軌道。
DFT, B3LYP/6-31G(d)で構造最適化＆計算。

ここから入力ファイルの中身-----
$CONTRL DFTTYP=B3LYP SCFTYP=RHF RUNTYP=OPTIMIZE $END
$SYSTEM TIMLIM=600000 MEMORY=80000000 $END
$STATPT OPTTOL=0.0001 NSTEP=50 PROJCT=.FALSE. $END
$BASIS GBASIS=N31 NGAUSS=6 NDFUNC=1 $END
$GUESS GUESS=HUCKEL $END
$SCF DIRSCF =.TRUE. $END

$DATA

C1
C 6.0 -5.6812333846 2.7867301731 -0.5916453563
C 6.0 -6.0285609082 1.5466439089 0.2488710223
C 6.0 -4.6602756328 0.8812789982 0.4615466072
C 6.0 -3.7002958742 1.8192955333 -0.2897020258
C 6.0 -3.5668734432 3.1308635731 0.5020579893
C 6.0 -4.9362470552 3.7966082910 0.2976665466
H 1.0 -2.7756007997 3.7613952365 0.0810614972
H 1.0 -3.3438845147 2.9635721438 1.5605050442
H 1.0 -5.4498251536 3.9806116686 1.2466766778
H 1.0 -4.8151861839 4.7559815622 -0.2176872660
C 6.0 -4.5548094398 2.2575170479 -1.4784126267
H 1.0 -6.5374557504 3.2136665334 -1.1180169824
H 1.0 -2.7423963205 1.3583513616 -0.5394538226
H 1.0 -4.0821674320 3.0354821970 -2.0872097825
H 1.0 -4.8636861061 1.4249014195 -2.1190470550
$END
ここまで-----

最適化構造。
↓HOMO (-6.31 eV)。

↓LUMO (-2.37 eV)。

モデリング: Avogadro
http://avogadro.openmolecules.net/wiki/Main_Page
軌道計算: GAMESS-US
http://www.msg.chem.iastate.edu/gamess/
軌道表示: MacMolPlt
http://www.scl.ameslab.gov/MacMolPlt/

2010/07/21

第8回検討会・1Fの暑さの違い

ヒアリングメールは盆休み開けに届くらしい。

☆Done
自宅にて、TDDFT10ジョブ解析、論文・スライド作製、研究室ゼミ（検討会）、その他雑務。

☆レガシーメディア
堀場製作所、上海に環境計測製品などの基幹工場（化学工業日報）
http://www.chemicaldaily.co.jp/news/201007/21/03301_2121.html

出光ライオン、ＵＬ最高ランクの高難燃ＰＰを開発（化学工業日報）
http://www.chemicaldaily.co.jp/news/201007/21/01201_2131.html

大日本印刷、裏面電極太陽電池向けバスラインシート開発（化学工業日報）
http://www.chemicaldaily.co.jp/news/201007/21/04601_2131.html

首都圏リポート／中小のＣＯ２削減支援－クレジット制度活用へ（日刊工業新聞）
http://www.nikkan.co.jp/news/nkx1420100721hlax.html

住友大阪セメント、シリコーン材料を高屈折率化する技術にめど（日刊工業新聞）
http://www.nikkan.co.jp/news/nkx0820100721cbac.html

産総研、米大と３．５ナノの極小超電導体を作製（日刊工業新聞）
http://www.nikkan.co.jp/news/nkx0320100721eaab.html

ＴＤＫ、厚さ１ｍｍ実現したフェライト磁石開発－高耐熱性と磁力を維持（日刊工業新聞）
http://www.nikkan.co.jp/news/nkx0320100721aaan.html

☆Weblog
エネルギー供給構造高度化法は第二の産構法か？（化学業界の話題）
http://knak.cocolog-nifty.com/blog/2010/07/post-8e2e.html

失敗も科学のうち（アマチュアサイエンティスト）
http://page-only-one.cocolog-nifty.com/imotora7/2010/07/post-2afd.html

乗務員の盗み、電車の遅延、単純にして粗暴、政権交代後の科学技術政策（生きるすべ　IKIRU-SUBE 柳田充弘ブログ）
http://mitsuhiro.exblog.jp/14811400/

☆論文・総説
Dielectric Relaxation Behavior of Polymerized Ionic Liquid
http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/ma100918e
↑粘度法

Regioregular Electroactive Polyolefins with Precisely Sequenced π-Conjugated Chromophores
http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/ma100863h
↑スタッキング

[GAMESS] borole

ボロールのπ軌道。
DFT, B3LYP/6-31G(d)で構造最適化＆計算。

ここから入力ファイルの中身-----
! DFT, B3LYP/6-31G(d), optimization
$CONTRL DFTTYP=B3LYP SCFTYP=RHF RUNTYP=OPTIMIZE $END
$SYSTEM TIMLIM=600000 MEMORY=80000000 $END
$STATPT OPTTOL=0.0001 NSTEP=50 PROJCT=.FALSE. $END
$BASIS GBASIS=N31 NGAUSS=6 NDFUNC=1 $END
$GUESS GUESS=HUCKEL $END
$SCF DIRSCF =.TRUE. $END

$DATA

C1
B 5.0 -2.9130320234 2.8182928580 0.0136402726
C 6.0 -4.1007512639 1.9021627683 0.0065512033
C 6.0 -1.7717718447 1.8430299428 0.0025814325
C 6.0 -3.6906818851 0.6239763689 -0.0063560999
C 6.0 -2.2475023156 0.5877368232 -0.0088121360
H 1.0 -4.3205731205 -0.2518288779 -0.0138703782
H 1.0 -5.1292182257 2.2321129534 0.0112300764
H 1.0 -1.6623568869 -0.3195102077 -0.0184031578
H 1.0 -0.7293352683 2.1203161564 0.0037296226
H 1.0 -2.8852629739 3.9258938489 0.0242668790
$END
ここまで-----

最適化構造。
↓HOMO (-5.98 eV)。

↓LUMO (-2.18 eV)。ホウ素原子のp軌道が関与しています。

モデリング: Avogadro
http://avogadro.openmolecules.net/wiki/Main_Page
軌道計算: GAMESS-US
http://www.msg.chem.iastate.edu/gamess/
軌道表示: MacMolPlt
http://www.scl.ameslab.gov/MacMolPlt/

2010/07/20

第7回猛暑でポリタンクがパンパン

☆Done
自宅にて、TDDFT25ジョブ解析、TDDFT38ジョブ投入、ゼミ打ち合わせ、論文投稿手順の確認、その他雑務。

☆レガシーメディア
新たな原油漏れ、油井から３キロ地点　米大統領報道官（日本経済新聞）
http://www.nikkei.com/news/headline/article/g=96958A9C9381959FE0E2E2E3918DE0E2E2E5E0E2E3E2E2E2E2E2E2E2

住化分析センター、第一選択肢向け液クロカラムの新製品（化学工業日報）
http://www.chemicaldaily.co.jp/news/201007/20/01601_2131.html

研究開発費が２年ぶりに増加、主要１４９社で５％増－本社アンケート（日刊工業新聞）
http://www.nikkan.co.jp/news/nkx1520100720aaac.html

オーナンバ、太陽光発電配線ユニットの生産能力増強（日刊工業新聞）
「オーナンバは２０１０年度、太陽電池配線ユニットの生産能力を現在の月１２０万台から同１９０万台に引き上げる。成長が続く太陽電池市場で日本メーカーのグローバルな生産量拡大に対応する」
http://www.nikkan.co.jp/news/nkx0320100720bjai.html

カーボンフリーコンサル、地域産ＣＯ２のカーボンオフセット販売を開始（日刊工業新聞）
http://www.nikkan.co.jp/news/nkx0520100720caak.html

東工大、太陽電池パネルの軽量化・高強度の技術開発（日刊工業新聞）
http://www.nikkan.co.jp/news/nkx0720100720eaab.html

ＮＥＤＯ、新型メモリー開発プロ始動－消費電力１０分の（日刊工業新聞）
http://www.nikkan.co.jp/news/nkx0720100720eaai.html

☆Weblog
福祉手当の受給者増加（nzdaisuki.com）
「国から福祉手当を受給している人の数が先月は1.1%増加し、332,924人となった。」
http://nzdaisuki.com/news/news.php?id=4560

若者の喫煙者数急激に低下（nzdaisuki.com）
「昨年5.6％の生徒が毎日の喫煙を回答しているが、10年前の調査を始めた1999年の15.6％と比較すると急激に減っている」
http://nzdaisuki.com/news/news.php?id=4559

第928回　ヒポストレステスト不合格か（代表戸締役 ◆jJEom8Ii3Eの妄言）
「すでに国有化済みということで、市場の反応は限定的なものとなっている。リーマンショック時に破綻した他の国有化銀行の動向も気にかかるとこととなる」
http://blogs.yahoo.co.jp/daitojimari/61192992.html

☆論文・総説
Fluorene-Based Metal-Ion Sensing Probe with High Sensitivity to Zn2+ and Efficient Two-Photon Absorption
http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/jp104450m

Hole Mobility for Thin-Film Organic Molecular Solids in the Presence of Defects or Surface Adsorbates: Theory and Implications for Gas Detection
http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/jp100201q

Preparation and properties of polyhedral oligomeric silsesquioxane-polysiloxane copolymers
http://www3.interscience.wiley.com/journal/122658842/abstract
↑郡司先生
Synthesis of star-shaped molecules with pyrene-containing -conjugated units linked by an organosilicon core
http://www3.interscience.wiley.com/journal/122650794/abstract
↑大下先生・播磨先生
Synthesis of pi-conjugated polymers via regioregular organometallic polymers 2. Transformation of titanacyclopentadiene- containing polymer into poly(p-phenylene) derivative
http://www3.interscience.wiley.com/journal/123251107/abstract
↑冨田先生

[GAMESS] furan

フランのπ軌道。
DFT, B3LYP/6-31G(d)で構造最適化＆計算。

ここから入力ファイルの中身-----
! DFT, B3LYP/6-31+G(d), optimization
$CONTRL DFTTYP=B3LYP SCFTYP=RHF RUNTYP=OPTIMIZE MAXIT=100 $END
$SYSTEM TIMLIM=600000 MEMORY=80000000 $END
$STATPT OPTTOL=0.0001 NSTEP=50 PROJCT=.FALSE. $END
$BASIS GBASIS=N31 NGAUSS=6 NDFUNC=1 DIFFSP=.TRUE. $END
$GUESS GUESS=HUCKEL $END
$SCF DIRSCF =.TRUE. FDIFF =.FALSE. $END

$DATA

C1
O 8.0 -2.3495442206 2.5086230137 0.0000000000
C 6.0 -3.4200873751 1.6715253441 -0.0000000000
C 6.0 -3.0038030479 0.3605311675 -0.0000000000
C 6.0 -1.5880939030 0.3960657488 0.0000000000
C 6.0 -1.2396443171 1.7266166805 0.0000000000
H 1.0 -0.9059766262 -0.4417527883 0.0000000000
H 1.0 -3.6430780248 -0.5110610490 -0.0000000000
H 1.0 -0.2960815186 2.2552963286 0.0000000000
H 1.0 -4.3879594232 2.1516725183 -0.0000000000
$END
ここまで-----

最適化構造。
↓HOMO (-6.37 eV)。

↓LUMO (0.00 eV)。

モデリング: Avogadro
http://avogadro.openmolecules.net/wiki/Main_Page
軌道計算: GAMESS-US
http://www.msg.chem.iastate.edu/gamess/
軌道表示: MacMolPlt
http://www.scl.ameslab.gov/MacMolPlt/

2010/07/19

第6回鶏カラのメッカ中津で36.8℃・コストコで買い物

☆Done
海の日。自宅にて、TDDFT65ジョブ解析、TDDFT8ジョブ投入、その他雑務。

☆レガシーメディア
総合科技会議、最先端研究開発支援に計９６億円追加配分（日刊工業新聞）
「政府の総合科学技術会議は、世界トップクラスの研究成果を出すために設けた研究開発支援制度「最先端研究開発支援プログラム」に選定した３０の研究課題のうち２６課題に対し、今年度に追加で計９６億円配分することを決めた。当初予算枠が減額したことに伴う措置で追加配分によって研究活動の支援を強化する。」
http://www.nikkan.co.jp/news/nkx0720100719eaal.html

ソニーケミカル、光学弾性樹脂を外販－４０型以上の大画面対応（日刊工業新聞）
http://www.nikkan.co.jp/news/nkx0820100719cbac.html

三菱商事、新中計策定－インフラ・新エネ強化（日刊工業新聞）
http://www.nikkan.co.jp/news/nkx1120100719ceag.html

☆Weblog
第927回　二番底の恐怖　今週の予定（代表戸締役 ◆jJEom8Ii3Eの妄言）
http://blogs.yahoo.co.jp/daitojimari/61183199.html

住友化学の有機EL照明（大学教授のぶっちゃけ話）
http://junjikido.cocolog-nifty.com/blog/2010/07/el-b0db.html

[GAMESS] thiophene

チオフェンのπ軌道。
DFT, B3LYP/6-31G(d)で構造最適化＆計算。

ここから入力ファイルの中身-----
! DFT, B3LYP/6-31G(d), optimization
$CONTRL DFTTYP=B3LYP SCFTYP=RHF RUNTYP=OPTIMIZE $END
$SYSTEM TIMLIM=600000 MEMORY=80000000 $END
$STATPT OPTTOL=0.0001 NSTEP=50 PROJCT=.FALSE. $END
$BASIS GBASIS=N31 NGAUSS=6 NDFUNC=1 $END
$GUESS GUESS=HUCKEL $END
$SCF DIRSCF =.TRUE. $END

$DATA

C1
S 16.0 -3.9151447270 3.6664730788 0.0039270227
C 6.0 -5.0885082374 2.4207346806 -0.0016132784
C 6.0 -4.5147121829 1.1683095673 -0.0034644819
C 6.0 -3.0916286128 1.2332932598 -0.0002871327
C 6.0 -2.6325956349 2.5323648436 0.0038688261
H 1.0 -6.1417482010 2.6677480200 -0.0032419267
H 1.0 -5.0892845052 0.2500922336 -0.0069324812
H 1.0 -2.4356318283 0.3703849149 -0.0010097791
H 1.0 -1.6073880252 2.8735643967 0.0068789999
$END
ここまで-----

最適化構造。
↓HOMO (-6.23 eV)。

↓LUMO (+0.11eV)。

モデリング: Avogadro
http://avogadro.openmolecules.net/wiki/Main_Page
軌道計算: GAMESS-US
http://www.msg.chem.iastate.edu/gamess/
軌道表示: MacMolPlt
http://www.scl.ameslab.gov/MacMolPlt/

2010/07/16

第5回修論まとめ・闇夜に青白い顔

☆Done
TDDFT20ジョブ解析、TDDFT32ジョブ投入、論文書き5ページ、ゼミ（抄録会・雑誌会）、修論打ち合わせ、ディスカッション、実験指導、論文書き足し、その他雑務。

☆レガシーメディア
東京理科大、技術研究組合制度を活用し柔軟に事業化連携（日刊工業新聞）
「東京理科大学の科学技術交流センターは、大学の技術の実用化に向けて、大学と複数社が研究・事業開発を進める技術研究組合を始めた。」
http://www.nikkan.co.jp/news/nkx0520100716ecaa.html

東大と理研、絶縁体中の粒子が磁場で曲がることを確認（日刊工業新聞）
「東京大学大学院工学系研究科の十倉好紀教授と小野瀬佳文講師らは、強磁性の絶縁体中のスピン波の粒子であるマグノンの進む方向が、磁場によって曲げられる「ホール効果」現象を起こすことを世界で初めて確認した。」
http://www.nikkan.co.jp/news/nkx0720100716eaae.html

東大ＶＣの２号ファンド、７６億５０００万円規模に（日刊工業新聞）
「東京大学エッジキャピタル（ＵＴＥＣ＝ユーテック、郷治友孝社長、０３・５８４１・１４９０）は、東大関連ベンチャーなどに投資する「ＵＴＥＣ２号ファンド」の募集を終え、約７６億５０００万円を集めた。２００９年７月に設立し、合計３段階に分けて積み増しを図っていた。すでに環境、医療、ＩＴなどで、東大の技術を補完できる案件など、従来よりも条件を広げて投資活動を始めている。」
http://www.nikkan.co.jp/news/nkx0720100716ecag.html

鉄スクラップ、輸出価格続落－アジアの鋼材市況悪化（日刊工業新聞）
http://www.nikkan.co.jp/news/nkx1220100716ddac.html

クレハ、ＬｉＢ負極材を大幅増強・米国生産も（化学工業日報）
http://www.chemicaldaily.co.jp/news/201007/16/01401_2121.html

ＤＩＣ、化学物質情報総合管理システムを拡張（化学工業日報）
http://www.chemicaldaily.co.jp/news/201007/16/04101_2138.html

☆Weblog
山本真司の仕事術の王道　第3回お金と貢献の二兎を追うのが
仕事人生のミッション
「自分の人生に、なんとか生きていけるという確信が生まれた時、あなたの人生は、永遠の成長に向けての長期上昇サイクルに向かうことも可能になる。」
http://www.nikkeibp.co.jp/article/column/20100715/236938/

BP、新しいキャップの設置に成功（化学業界の話題）
http://knak.cocolog-nifty.com/blog/2010/07/bp-0655.html
↑まだ安心できない。他の岩盤の割れ目からの噴出の可能性が

藤田誠教授、江崎玲於奈賞を受賞（科学が変わる、化学が変える）
http://d.hatena.ne.jp/TodaiGCOE/20100716/1279269212

☆論文・総説
Organo-f-element catalysts for efficient and highly selective hydroalkoxylation and hydrothiolation
http://www.rsc.org/Publishing/Journals/DT/article.asp?doi=c003089a
↑Marks先生怖い

Reliable and Diverse Synthesis of Aryl Azides through Copper-Catalyzed Coupling of Boronic Acids or Esters with TMSN3
http://www3.interscience.wiley.com/journal/123526352/abstract
↑なんでもあり

A photoswitchable methylene-spaced fluorinated aryl azobenzene monolayer grafted on silicon
http://www.rsc.org/Publishing/Journals/CC/article.asp?doi=c0cc00521e
↑接合部が新しい…のか？

[GAMESS] pyrrole

ピロールのπ軌道。
DFT, B3LYP/6-31G(d)で構造最適化＆計算。

ここから入力ファイルの中身-----
! DFT, B3LYP/6-31G(d), optimization
$CONTRL DFTTYP=B3LYP SCFTYP=RHF RUNTYP=OPTIMIZE $END
$SYSTEM TIMLIM=600000 MEMORY=80000000 $END
$STATPT OPTTOL=0.0001 NSTEP=50 PROJCT=.FALSE. $END
$BASIS GBASIS=N31 NGAUSS=6 NDFUNC=1 $END
$GUESS GUESS=HUCKEL $END
$SCF DIRSCF =.TRUE. $END

$DATA

C1
C 6.0 -0.5194052926 3.0062764037 1.1963415405
N 7.0 -0.7119643720 4.3084643163 0.4762211476
C 6.0 -0.6116781059 3.8839571448 -0.9597096971
C 6.0 -0.3979077492 2.5604376741 -1.0288185306
C 6.0 -0.3407126071 2.0164582506 0.3072531297
H 1.0 -0.1785672085 0.9736458256 0.5323580218
H 1.0 -0.5253937779 2.8931777820 2.2699770792
H 1.0 -0.2838796658 1.9753804377 -1.9285440978
H 1.0 -0.6997171231 4.5513176717 -1.8033469130
H 1.0 -0.8643514153 5.2069951082 0.8485930787
$END
ここまで-----

最適化構造。全ての原子が同一平面上にあります。
↓HOMO (-5.39 eV)。

↓LUMO (+1.47eV)。

モデリング: Avogadro
http://avogadro.openmolecules.net/wiki/Main_Page
軌道計算: GAMESS-US
http://www.msg.chem.iastate.edu/gamess/
軌道表示: MacMolPlt
http://www.scl.ameslab.gov/MacMolPlt/

2010/07/15

第4回: Boltzmann分布と乱闘

☆Done
TDDFT27ジョブ解析、Boltzmann分布と乱闘（ドツボにハマる）、ディスカッション、実験指導、論文書き足し、その他雑務。

☆レガシーメディア
環境省、催事・会議のＣＯ２相殺で年内にも指針策定（日刊工業新聞）
http://www.nikkan.co.jp/news/nkx0520100715caao.html
↑簡易エコ発電装置

産総研、電極に単層ＣＮＴ使用のキャパシター試作－高電圧で安定動作（日刊工業新聞）
http://www.nikkan.co.jp/news/nkx0720100715eaae.html
↑カミナリ蓄電。

東レ、有機ＥＬディスプレー向け全色発光層と電子・正孔輸送層材を供給（日刊工業新聞）
http://www.nikkan.co.jp/news/nkx0820100715cbad.html
↑液晶からの全置換は15年後?

花王　小型柔軟剤１１月投入　「環境」配慮の製品拡充へ（SankeiBiz）
http://www.sankeibiz.jp/business/news/100715/bsc1007150504011-n1.htm
↑製品より製品の輸送がエコ。

三井物産　エジプトで３鉱区取得　エネルギー事業収益拡大（SankeiBiz）
http://www.sankeibiz.jp/business/news/100715/bsb1007150503006-n1.htm
↑福田総理

☆Weblog
第925回　先送りと先延ばし（代表戸締役 ◆jJEom8Ii3Eの妄言）
「スペイン政府は信用回復に必死となっている。しかし、市場は厳しい見方を崩しておらず、銀行間市場での資金調達が困難な状況が継続している。」
http://blogs.yahoo.co.jp/daitojimari/61150587.html

☆論文・総説
Ru-Catalyzed Decarbonylative Addition of Aliphatic Aldehydes to Terminal Alkynes
http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/ol101107w
↑メタセシスじゃないのかなぁ…

Pd(OAc)2-Catalyzed Regioselective Arylation of Indoles with Arylsiloxane in Acidic Medium
http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/ol101147b
↑C-H結合活性化のまとめサイトが欲しくなる（私に作る余裕なし）

Synthesis of Anthracene-Stacked Oligomers and Polymer
http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/ol1011295
↑カクカクしてます。

π-Bonding and the Lone Pair Effect in Multiple Bonds Involving Heavier Main Group Elements: Developments in the New Millennium
http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/cr100133q

[GAMESS] benzyl cation

ベンジルカチオンのπ軌道。
DFT, B3LYP/6-31G(d)で構造最適化＆計算。
カチオンの構造最適化なので、入力ファイルの中身に

$CONTRL ICHARG=1 $END

が入っています。

ここから入力ファイルの中身-----
! DFT, B3LYP/6-31G(d), optimization
$CONTRL DFTTYP=B3LYP SCFTYP=RHF RUNTYP=OPTIMIZE $END
$CONTRL ICHARG=1 $END
$SYSTEM TIMLIM=600000 MEMORY=80000000 $END
$STATPT OPTTOL=0.0001 NSTEP=200 PROJCT=.FALSE. $END
$BASIS GBASIS=N31 NGAUSS=6 NDFUNC=1 $END
$GUESS GUESS=HUCKEL $END
$SCF DIRSCF =.TRUE. $END

$DATA

C1
C 6.0 -5.2029383210 1.8129269588 -0.0002477590
C 6.0 -4.4049708599 2.9581461642 -0.0035676844
C 6.0 -3.0086345385 2.8500015771 -0.0175311352
C 6.0 -4.6121347346 0.5503118155 -0.0002421480
C 6.0 -3.2235334267 0.4327450198 0.0010405267
C 6.0 -2.4245292607 1.5778037838 -0.0019997265
C 6.0 -2.1531967986 4.0816451522 0.0141818071
H 1.0 -4.8794496390 3.9367082607 0.0040439345
H 1.0 -6.2854702705 1.9058876720 0.0053649472
H 1.0 -5.2335421396 -0.3407920442 0.0032410794
H 1.0 -2.7617465824 -0.5507996887 0.0074553494
H 1.0 -1.3423347032 1.4700722064 0.0066902708
H 1.0 -2.3299507141 5.0983747701 0.0076291540
H 1.0 -1.1462179877 3.8588805268 0.0515127073
$END
ここまで-----

最適化構造。全ての原子が同一平面上にあります。
↓HOMO' (-12.51eV)。カチオンの場合、ここまで電子が配置されます。

↓HOMO (-8.76 eV)。

↓LUMO (-5.31 eV)。

モデリング: Avogadro
http://avogadro.openmolecules.net/wiki/Main_Page
軌道計算: GAMESS-US
http://www.msg.chem.iastate.edu/gamess/
軌道表示: MacMolPlt
http://www.scl.ameslab.gov/MacMolPlt/

2010/07/14

第3回洪水被害がニュースに・晴れて蒸し暑い

☆Done
TDDFT21ジョブ解析、元素分析サンプル依頼、PowerPointスライド修正3枚、２ページもの論文修正、その他雑務。

☆レガシーメディア
首都大学東京、マグネシウム合金に伸びる性質を持たせる技術を開発（日刊工業新聞）
http://www.nikkan.co.jp/news/nkx0720100714aaae.html
↑用途が気になる

アルミ相場、もみ合いに－新興国需要が下支え（日刊工業新聞）
http://www.nikkan.co.jp/news/nkx1220100714ddad.html
↑新興国から欧米への資金引き上げが不安材料。

米ＧＥ、スマートグリッド技術開発に２億ドルの基金（SankeiBiz）
http://www.sankeibiz.jp/business/news/100714/bsb1007141630010-n1.htm
↑送電ロスは？地産地消？

関大が商店街に研究拠点　「楽市楽座」で地域活性化（SankeiBiz）
http://www.sankeibiz.jp/business/news/100714/bsc1007140503005-n1.htm
↑関大前の商店街は楽しい商店街だったと記憶。

国立大利益、１７６億円減（SankeiBiz, 13日付）
http://www.sankeibiz.jp/business/news/100713/bsh1007130503004-n1.htm
↑収入源を何に依存しているか。

カワサキプラント、木質バイオマスガス化発電実証試験完了（化学工業日報）
http://www.chemicaldaily.co.jp/news/201007/14/03301_2123.html
↑木から直接電気を取れないものか。

住友商事、リン酸関連軸に肥料原料事業投資を検討（化学工業日報）
http://www.chemicaldaily.co.jp/news/201007/14/02201_2121.html
↑海への流出を抑制できないものか…

メディアよ、いいかげん「ダメな経済学」を捨てよ！
http://diamond.jp/articles/-/3925
↑同じ穴のムジナ。「学校→従業員」を疑うべしと私は思います。

☆Weblog
反捕鯨活動家Bethune氏、NZ政府の対応に非難（nzdaisuki.com）
http://nzdaisuki.com/news/news.php?id=4552

☆論文・総説
Synthesis of highly luminescent organoboron polymers connected by bifunctional 8-aminoquinolate linkers
http://www3.interscience.wiley.com/journal/123577437/abstract

Stark-Effect Studies of 1-Phenylpyrrole in the Gas Phase. Dipole Reversal upon Electronic Excitation
http://pubs.acs.org/toc/jpclcd/current

Multiphase Homogeneous Catalysis: Common Procedures and Recent Applications
https://www.thieme-connect.com/ejournals/abstract/synlett/doi/10.1055/s-0030-1258114

[GAMESS] 1,3,5,7-cyclooctatetraene

1,3-シクロオクタテトラエンのπ軌道。
DFT, B3LYP/6-31G(d)で構造最適化＆計算。

ここから入力ファイルの中身-----
! DFT, B3LYP/6-31G(d), optimization
$CONTRL DFTTYP=B3LYP SCFTYP=RHF RUNTYP=OPTIMIZE $END
$SYSTEM TIMLIM=600000 MEMORY=80000000 $END
$! DFT, B3LYP/6-31G(d), optimization
$CONTRL DFTTYP=B3LYP SCFTYP=RHF RUNTYP=OPTIMIZE $END
$SYSTEM TIMLIM=600000 MEMORY=80000000 $END
$STATPT OPTTOL=0.0001 NSTEP=200 PROJCT=.FALSE. $END
$BASIS GBASIS=N31 NGAUSS=6 NDFUNC=1 $END
$GUESS GUESS=HUCKEL $END
$SCF DIRSCF =.TRUE. $END

$DATA

C1
C 6.0 -6.9397792349 -1.8970643978 -0.0959444555
C 6.0 -5.5311612171 -2.0726284916 -0.3666724244
C 6.0 -7.6265467962 -2.3615103016 0.9573535661
C 6.0 -4.8576554458 -3.2294142254 -0.4376127159
H 1.0 -7.4626166485 -1.2647231199 -0.8114857391
C 6.0 -7.1119092579 -3.1415463215 2.0581388114
H 1.0 -8.6754769319 -2.0851381508 1.0490602911
H 1.0 -4.9956221101 -1.1519886942 -0.5921334934
C 6.0 -5.3895549852 -4.5599769773 -0.2595161872
H 1.0 -3.8061845217 -3.1953394815 -0.7174296213
C 6.0 -6.4382970206 -4.2984447936 1.9876529317
C 6.0 -6.0764322952 -5.0248776164 0.7936705098
H 1.0 -7.3644472862 -2.7546512996 3.0439932710
H 1.0 -6.1753266627 -4.7970941978 2.9183105725
H 1.0 -5.1395599014 -5.2577692119 -1.0569886585
H 1.0 -6.3520903924 -6.0774248034 0.8029340219
$END

ここまで-----

最適化構造。炭素－炭素結合長さは2種類（1.34 Åと1.47 Å）
↓HOMO (-5.44 eV)。

↓LUMO (-1.14 eV)。

モデリング: Avogadro
http://avogadro.openmolecules.net/wiki/Main_Page
軌道計算: GAMESS-US
http://www.msg.chem.iastate.edu/gamess/
軌道表示: MacMolPlt
http://www.scl.ameslab.gov/MacMolPlt/

2010/07/13

第2回　故郷は大雨

☆三原市緊急情報（2010年 07月 13日 07:43）
災害情報（水防本部の設置）
三原市水防本部からのお知らせです。
13日（火）7時10分，福山・尾三地区に洪水警報が発表されたことから，三原市役所に水防本部を設置しました。
https://app.xpressmail.jp/misc/view_deliver?d=000y&i=617

☆Done
再結晶リベンジ、濾過・乾燥・元素分析サンプル作製、TDDFTデータ処理18ジョブ分、同53ジョブ投入、論文書き1/3ページ、ディスカッション、実験アシスト、その他雑務

☆レガシーメディア
住友化学、液晶ポリマー特殊グレード（化学工業日報）
http://www.chemicaldaily.co.jp/news/201007/13/01201_2121.html

伊藤忠商事、中近東のポリシリコン計画に参画へ（化学工業日報）
http://www.chemicaldaily.co.jp/news/201007/13/02201_2121.html

環境省、今秋にもエコ・ファースト制度認定基準改定（化学工業日報）
http://www.chemicaldaily.co.jp/news/201007/13/04101_4138.html
↑旗ふり

積水化学　高機能断熱材を拡販　ビル用狙い、外壁と一体　（SankeiBiz）
http://www.sankeibiz.jp/business/news/100713/bsc1007130501001-n1.htm

世界最大のＬＮＧ船　中部電力の受け入れ基地に到着　日本初（SankeiBiz）
http://www.sankeibiz.jp/business/news/100713/bsd1007131043006-n1.htm

物材機構、安定・還元剤使わず均一サイズの金ナノ粒子を合成（日刊工業新聞）
http://www.nikkan.co.jp/news/nkx0720100713eaaj.html

海外の太陽電池パネル関連企業、低価格武器に相次ぎ日本市場開拓（日刊工業新聞）
http://www.nikkan.co.jp/news/nkx0320100713bjad.html

水使わず太陽熱発電、三菱重が世界初の商用化へ（読売新聞）
http://www.yomiuri.co.jp/atmoney/news/20100713-OYT1T00044.htm
↑太陽光ばかり注目されるが、太陽熱をあなどることなかれ。

☆Weblog
伊藤忠、米国リチウム資源開発会社に資本参加（化学業界の話題）
http://knak.cocolog-nifty.com/blog/2010/07/post-5011.html

☆論文・総説
Aiming for the Ideal Synthesis
http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/jo1006812
↑ChemStationでも紹介されてました。

Palladium-Catalyzed Cyclocoupling of 2-Halobiaryls with Isocyanides via the Cleavage of Carbon－Hydrogen Bonds
http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/jo1009728
↑一酸化炭素とイソシアニド

Synthesis and Reactivity of Bis(tetramethylcyclopentadienyl) Yttrium Metallocenes Including the Reduction of Me3SiN3 to [(Me3Si)2N]－ with [(C5Me4H)2Y(THF)]2(μ-η2:η2-N2)
http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/ic100682d
↑Evans教授は名前のイメージ通りのお顔

Sensitivity of Plasmonic Nanostructures Coated with Thin Oxide Films for Refractive Index Sensing: Experimental and Theoretical Investigations
http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/jp1023839
↑謎が解けそう

[GAMESS] 1,3-cyclobutadiene

1,3-シクロブタジエンのπ軌道。
DFT, B3LYP/6-31G(d)で構造最適化＆計算。

ここから入力ファイルの中身-----
! DFT, B3LYP/6-31G(d), optimization
$CONTRL DFTTYP=B3LYP SCFTYP=RHF RUNTYP=OPTIMIZE $END
$SYSTEM TIMLIM=600000 MEMORY=80000000 $END
$STATPT OPTTOL=0.0001 NSTEP=200 PROJCT=.FALSE. $END
$BASIS GBASIS=N31 NGAUSS=6 NDFUNC=1 $END
$GUESS GUESS=HUCKEL $END
$SCF DIRSCF =.TRUE. $END

$DATA

C1
C 6.0 -4.0026883198 3.0621666627 0.0007368521
C 6.0 -4.0070428351 1.6336709594 0.0006671836
C 6.0 -2.6564923994 3.0571422764 0.0025964162
H 1.0 -4.7753941172 3.8230299535 -0.0002967290
C 6.0 -2.6608507535 1.6292010343 0.0025267011
H 1.0 -4.7852921003 0.8774185426 -0.0004416572
H 1.0 -1.8782657613 3.8134357393 0.0037052629
H 1.0 -1.8881594483 0.8682925968 0.0035602250
$END
ここまで-----

最適化構造。炭素－炭素結合長さは2種類（1.33 Åと1.58 Å）
↓最も準位の低いπ軌道 (-9.28 eV)。

↓HOMO (-4.38 eV)。

↓LUMO (-1.20 eV)。

↓最も準位の高いπ軌道 (+2.86 eV)。

モデリング: Avogadro
http://avogadro.openmolecules.net/wiki/Main_Page
軌道計算: GAMESS-US
http://www.msg.chem.iastate.edu/gamess/
軌道表示: MacMolPlt
http://www.scl.ameslab.gov/MacMolPlt/

2010/07/12

低炭素と典型元素とグリーンケミストリー

☆Done
TDDFTジョブ処理×15, TDDFTジョブ投げ込み×16, 論文書き1/4ページ, PowerPointスライド×5, ゼミ(スペクトル解析), ディスカッション少々, その他雑務。

☆本日のGAMESS
[GAMESS] 1,3,5,7,9-decapentaene
http://kyoroski.blogspot.com/2010/07/gamess-13579-decapentaene.html

☆化学工業日報
三菱ケミカル、スペシャリティ事業でグループ連携強化
http://www.chemicaldaily.co.jp/news/201007/12/01201_2121.html
経産省、石炭火力の低炭素化を国内外で推進
http://www.chemicaldaily.co.jp/news/201007/12/04101_4138.html
↑かけ声ですな

☆学会・討論会
第37回有機典型元素化学討論会
http://www3.muroran-it.ac.jp/mgec37/Top.html
↑講演受付まだみたい

☆Dalton Trans.
A new functionalized mesoporous matrix supported Pd(II)-Schiff base complex: an efficient catalyst for the Suzuki–Miyaura coupling reaction
http://www.rsc.org/Publishing/Journals/DT/article.asp?doi=c003142a
↑リーチングなし？Suzuki-Miyauraカップリングは触媒が少なければ少ないほど良く進行すると言われたりしますが（ぉぃ

☆士いやしくも正を得てたおる - 教授ゴルギアス
http://gorgias.blog.shinobi.jp/Entry/504/
あいすんません。

☆世界の朝ご飯
http://www.nicovideo.jp/watch/sm11124672
↑各国よくたべる

[GAMESS] 1,3,5,7,9-decapentaene

1,3,5,7,9-デカペンタエンのπ軌道。
DFT, B3LYP/6-31G(d)で構造最適化＆計算。

ここから入力ファイルの中身-----
! DFT, B3LYP/6-31G(d), optimization
$CONTRL DFTTYP=B3LYP SCFTYP=RHF RUNTYP=OPTIMIZE $END
$SYSTEM TIMLIM=600000 MEMORY=80000000 $END
$STATPT OPTTOL=0.0001 NSTEP=200 PROJCT=.FALSE. $END
$BASIS GBASIS=N31 NGAUSS=6 NDFUNC=1 $END
$GUESS GUESS=HUCKEL $END
$SCF DIRSCF =.TRUE. $END

$DATA

C1
C 6.0 -7.4038484022 1.9550883264 0.4700472121
C 6.0 -6.2908984056 2.5576991899 0.0364721724
C 6.0 -4.9983993175 1.9124460670 0.0327963057
C 6.0 -3.8911791571 2.5073477787 -0.4357820231
H 1.0 -8.3552402728 2.4779579990 0.4518221540
H 1.0 -7.4025396167 0.9374323208 0.8468690165
H 1.0 -6.3527063050 3.5784285673 -0.3346338681
C 6.0 -2.5980843281 1.8579113916 -0.4514689108
C 6.0 -1.5046197140 2.4303854082 -0.9770249098
C 6.0 -0.2141385007 1.7760893171 -1.0083696259
C 6.0 0.8644720628 2.3256797796 -1.5863647299
C 6.0 2.1504036974 1.6683444024 -1.6278994602
C 6.0 3.2202692403 2.2005951783 -2.2299862528
H 1.0 -4.9492706527 0.8988342037 0.4248962157
H 1.0 -3.9435334203 3.5182628265 -0.8342918975
H 1.0 -2.5387648646 0.8600612151 -0.0222179064
H 1.0 -1.5666556586 3.4246090205 -1.4140603014
H 1.0 -0.1432611877 0.7950805726 -0.5439091148
H 1.0 0.7927705786 3.3036862031 -2.0570347179
H 1.0 2.2426656575 0.6966887203 -1.1479422573
H 1.0 3.1853789941 3.1644137546 -2.7273472701
H 1.0 4.1674730878 1.6697994385 -2.2389545293
$END
ここまで-----

↓HOMO (-5.03 eV)。

↓LUMO (-1.71 eV)。

モデリング: Avogadro
http://avogadro.openmolecules.net/wiki/Main_Page
軌道計算: GAMESS-US
http://www.msg.chem.iastate.edu/gamess/
軌道表示: MacMolPlt
http://www.scl.ameslab.gov/MacMolPlt/

2010/07/11

[GAMESS] 1,3,5,7-octatetraene

1,3,5,7-オクタテトラエンのπ軌道。
DFT, B3LYP/6-31G(d)で構造最適化＆計算。

ここから入力ファイルの中身-----
! DFT, B3LYP/6-31G(d), optimization
$CONTRL DFTTYP=B3LYP SCFTYP=RHF RUNTYP=OPTIMIZE $END
$SYSTEM TIMLIM=600000 MEMORY=80000000 $END
$STATPT OPTTOL=0.0001 NSTEP=200 PROJCT=.FALSE. $END
$BASIS GBASIS=N31 NGAUSS=6 NDFUNC=1 $END
$GUESS GUESS=HUCKEL $END
$SCF DIRSCF =.TRUE. $END

$DATA

C1
C 6.0 -4.9674854286 1.1855330999 0.1063088319
C 6.0 -3.7275085434 1.8898839768 -0.1300620780
C 6.0 -2.5236994426 1.3256748619 0.0484673635
C 6.0 -1.2865187142 2.0317766435 -0.1899101932
C 6.0 -0.0829644952 1.4740475951 -0.0145930443
C 6.0 -6.1718962824 1.7488330325 -0.0749424014
C 6.0 -7.4556484931 1.0082034989 0.1713568305
H 1.0 -6.2420767902 2.7801847440 -0.4139642857
H 1.0 -4.9030653977 0.1532727322 0.4449805748
H 1.0 -3.8005205912 2.9215189407 -0.4677573622
H 1.0 -2.4495359509 0.2939375732 0.3858984721
H 1.0 -1.3459951183 3.0644258478 -0.5277747463
H 1.0 0.0364736462 0.4485203534 0.3203868558
H 1.0 0.8207866148 2.0436966361 -0.2066659432
C 6.0 -8.6780706957 1.8734999061 -0.1011888544
H 1.0 -7.5031953830 0.0272433029 0.4883432451
H 1.0 -8.5598265058 2.8489196142 -0.4167814788
H 1.0 -9.6250323859 1.4846911693 0.0296366917
$END
ここまで-----

↓最も準位の低いπ軌道 (-9.31 eV)。

↓2番目に準位の低いπ軌道 (-8.97 eV)。

↓3番目に準位の低いπ軌道 (-8.05 eV)。

↓HOMO (-5.27 eV)。

↓LUMO (-1.47 eV)。

↓3番目に準位の高いπ軌道 (+0.60 eV)。

↓2番目に準位の高いπ軌道 (+2.26 eV)。

↓最も準位の高いπ軌道 (+3.02 eV)。

モデリング: Avogadro
http://avogadro.openmolecules.net/wiki/Main_Page
軌道計算: GAMESS-US
http://www.msg.chem.iastate.edu/gamess/
軌道表示: MacMolPlt
http://www.scl.ameslab.gov/MacMolPlt/

2010/07/10

[GAMESS] 1,3,5-hexatriene

1,3,5-ヘキサトリエンのπ軌道。
DFT, B3LYP/6-31G(d)で構造最適化＆計算。

ここから入力ファイルの中身-----
! DFT, B3LYP/6-31G(d), optimization
$CONTRL DFTTYP=B3LYP SCFTYP=RHF RUNTYP=OPTIMIZE $END
$SYSTEM TIMLIM=600000 MEMORY=80000000 $END
$STATPT OPTTOL=0.0001 NSTEP=200 PROJCT=.FALSE. $END
$BASIS GBASIS=N31 NGAUSS=6 NDFUNC=1 $END
$GUESS GUESS=HUCKEL $END
$SCF DIRSCF =.TRUE. $END

$DATA

C1
C 6.0 -5.1772399590 1.1781320923 0.1122846915
C 6.0 -3.9395880412 1.8832946399 -0.1280155987
C 6.0 -2.7348185565 1.3210579517 0.0503895978
C 6.0 -1.4983931172 2.0262047210 -0.1898855530
C 6.0 -0.2945597040 1.4692890080 -0.0136904426
C 6.0 -6.3800739604 1.7366547037 -0.0653639289
H 1.0 -7.2847959539 1.1673419156 0.1280942712
H 1.0 -6.4991638082 2.7604314461 -0.4031548288
H 1.0 -5.1180410678 0.1466574810 0.4529261312
H 1.0 -4.0144193035 2.9143014881 -0.4680446503
H 1.0 -2.6599017726 0.2895628611 0.3905075229
H 1.0 -1.5578765783 3.0586852241 -0.5300568758
H 1.0 -0.1751713844 0.4443891065 0.3235656513
H 1.0 0.6092140321 2.0382995540 -0.2069922778
$END
ここまで-----

↓最も準位の低いπ軌道 (-9.09 eV)。

↓2番目に準位の低いπ軌道 (-9.09 eV)。

↓HOMO (-5.61 eV)。

↓LUMO (-1.12 eV)。

↓2番目に準位の高いπ軌道 (+1.39 eV)。

↓最も準位の高いπ軌道 (+2.86 eV)。

モデリング: Avogadro
http://avogadro.openmolecules.net/wiki/Main_Page
軌道計算: GAMESS-US
http://www.msg.chem.iastate.edu/gamess/
軌道表示: MacMolPlt
http://www.scl.ameslab.gov/MacMolPlt/