kyoroski: 8月 2010

2010/08/31

[GAMESS] naphthalene (ナフタレン)

GAMESS calculation results - kyoroski
http://www8.ocn.ne.jp/~ymakioka/

[GAMESS] GAMESSでかんたん(?)分子軌道計算…その1：インストールから計算実行まで。ただしMac版。
http://kyoroski.blogspot.com/2010/08/gamess-gamess1mac.html

DFT-geometrical optimization of naphthalene (ナフタレン) was performed at the B3LYP/6-31G(d) level. Then energy levels were calculated at the same level.

Content of the input file from here -----
! DFT, B3LYP/6-31G(d), optimization
$CONTRL DFTTYP=B3LYP SCFTYP=RHF RUNTYP=OPTIMIZE $END
$SYSTEM TIMLIM=600000 MEMORY=80000000 $END
$STATPT OPTTOL=0.0001 NSTEP=200 PROJCT=.FALSE. $END
$BASIS GBASIS=N31 NGAUSS=6 NDFUNC=1 $END
$GUESS GUESS=HUCKEL $END
$SCF DIRSCF =.TRUE. $END

$DATA

C1
C 6.0 -4.0638737906 2.5180258340 -0.0534741128
C 6.0 -5.2621253931 1.8048853740 0.0178836762
C 6.0 -5.2408820953 0.4170145091 0.1153411276
C 6.0 -4.0213186412 -0.2622818746 0.1416362471
C 6.0 -2.8071145026 0.4395824876 0.0710827833
C 6.0 -2.8287085847 1.8505001349 -0.0278317639
H 1.0 -4.1008195520 3.6021970462 -0.1292728509
H 1.0 -6.2107095019 2.3348339487 -0.0026617979
H 1.0 -4.0250659169 -1.3470280604 0.2181084352
H 1.0 -6.1728379947 -0.1392439167 0.1711337775
C 6.0 -1.6144963004 2.5523976357 -0.0979117987
C 6.0 -1.5719476903 -0.2279370617 0.0968151989
C 6.0 -0.3736781961 0.4852768247 0.0264991214
C 6.0 -0.3949160041 1.8731699337 -0.0706426606
H 1.0 0.5370600061 2.4295106209 -0.1252655300
H 1.0 -1.6107464632 3.6371543107 -0.1742368585
H 1.0 0.5749196529 -0.0446157704 0.0478403552
H 1.0 -1.5350068324 -1.3121279675 0.1723318558
$END
to here -----

Results of geometrical optimization...
HOMO (-5.69 eV)。

LUMO (–0.87 eV)。

Molecule modeling: Avogadro
http://avogadro.openmolecules.net/wiki/Main_Page
Geometry optimization and energy calculation: GAMESS-US
http://www.msg.chem.iastate.edu/gamess/
Structure display: MacMolPlt
http://www.scl.ameslab.gov/MacMolPlt/

第32回関東支部大会終了

リンク埋め込まずにリンクが張られるかどうかのテスト

☆レガシーメディア
不二越、有機ＥＬ基板搬送用ロボを２００台受注（日刊工業新聞）

２０１１概算要求／環境省、家庭のＣＯ２減の対策強化（日刊工業新聞）
http://www.nikkan.co.jp/news/nkx0520100831caaj.html

理研と富山大、原子構成をＳＴＭで判定－“分子の指紋”利用（日刊工業新聞）
http://www.nikkan.co.jp/news/nkx0720100831eaag.html

文科省、「産学官連携基本戦略」の骨子固める－複数の産学で特許活用（日刊工業新聞）
http://www.nikkan.co.jp/news/nkx0720100831ecac.html

２０１１概算要求／経産省、４．９％増の１兆４１０億円（日刊工業新聞）
http://www.nikkan.co.jp/news/nkx1520100831aaai.html

☆Weblog
第964回　日銀の量的緩和（代表戸締役 ◆jJEom8Ii3Eの妄言）
http://blogs.yahoo.co.jp/daitojimari/61541063.html

☆論文・総説
Phosphorescent Cuprous Complexes with N,O Ligands – Synthesis, Photoluminescence, and Electroluminescence
http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/ejic.201000377/abstract

Room-temperature spin crossover and Langmuir–Blodgett film formation of an iron(II) triazole complex featuring a long alkyl chain substituent: the tail that wags the dog
http://pubs.rsc.org/en/Content/ArticleLanding/2010/CC/C0CC01008A

Three different product types from reactions of lithiated cyclic aminals with trivalent organometal chlorides
http://pubs.rsc.org/en/Content/ArticleLanding/2010/CC/C0CC01830A

Substitution position effect on photoluminescence emission and chain conformation of poly(diphenylacetylene) derivatives
http://pubs.rsc.org/en/Content/ArticleLanding/2010/CC/C0CC01481H

[GAMESS] 1,3,5-trimethoxybenzene (1,3,5-トリメトキシベンゼン)

GAMESS calculation results - kyoroski
http://www8.ocn.ne.jp/~ymakioka/

[GAMESS] GAMESSでかんたん(?)分子軌道計算…その1：インストールから計算実行まで。ただしMac版。
http://kyoroski.blogspot.com/2010/08/gamess-gamess1mac.html

DFT-geometrical optimization of 1,3,5-trimethoxybenzene (1,3,5-トリメトキシベンゼン) was performed at the B3LYP/6-31G(d) level. Then energy levels were calculated at the same level.

Content of the input file from here -----
! DFT, B3LYP/6-31G(d), optimization
$CONTRL DFTTYP=B3LYP SCFTYP=RHF RUNTYP=OPTIMIZE $END
$SYSTEM TIMLIM=600000 MEMORY=80000000 $END
$STATPT OPTTOL=0.0001 NSTEP=100 PROJCT=.FALSE. $END
$BASIS GBASIS=N31 NGAUSS=6 NDFUNC=1 $END
$GUESS GUESS=HUCKEL $END
$SCF DIRSCF =.TRUE. $END
$DATA

C1
C 6.0 -3.3079587116 2.6849367244 -0.3647525567
C 6.0 -4.4794259368 1.9669132780 -0.1061929370
C 6.0 -4.4424106566 0.5799933978 0.0395262765
C 6.0 -3.2215756880 -0.0917590951 -0.0747119247
C 6.0 -2.0460059219 0.6143034761 -0.3309553395
C 6.0 -2.0954668116 2.0040107839 -0.4758978400
O 8.0 -3.4838962611 4.0374748200 -0.4857721345
H 1.0 -5.4071140799 2.5237259686 -0.0250451496
O 8.0 -5.5168706712 -0.2302656681 0.2924570183
H 1.0 -1.1652252314 2.5257589825 -0.6750455548
O 8.0 -0.7955197784 0.0720792086 -0.4622458953
C 6.0 -2.3235026686 4.8140726858 -0.7570971970
H 1.0 -1.8766406165 4.5342613846 -1.7168853984
H 1.0 -1.5959429390 4.7346998573 0.0574523222
H 1.0 -2.6316708114 5.8617069106 -0.8266697104
H 1.0 -3.2242685369 -1.1704268778 0.0423344669
C 6.0 -6.7819428559 0.4053041611 0.4298560336
C 6.0 -0.6874688609 -1.3376216640 -0.3063348958
H 1.0 -7.5256957300 -0.3715494267 0.6315452937
H 1.0 -7.0723216421 0.9113198868 -0.4968292141
H 1.0 -6.7858123202 1.0978844645 1.2780919754
H 1.0 0.3656585634 -1.6075009127 -0.4305665537
H 1.0 -1.2592836142 -1.8648576253 -1.0771419499
H 1.0 -0.9943515573 -1.6487410780 0.6977776661
$END
to here -----

Results of geometrical optimization...
HOMO (-5.52 eV)。

LUMO (+0.82 eV)。

第31回片道3時間

新幹線での3時間と比べて疲労度が全く違う。バテる。

☆レガシーメディア
究費基金化方針、繰り越し自由に（読売新聞）
http://www.yomiuri.co.jp/science/news/20100829-OYT1T00097

☆論文・総説
Arrested 1,2-Hydrogen Migration from Silicon to Nickel upon Oxidation of a Three-Coordinate Ni(I) Silyl Complex
http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/ja1052329

Chiral Brønsted Acid-Catalyzed Allylboration of Aldehydes
http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/ja104956s

Slow Reductive Elimination from Arylpalladium Parent Amido Complexes
http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/ja1023404

An Opportunity for Mg-Catalyzed Grignard-Type Reactions: Direct Coupling of Benzylic Halides with Pinacolborane with 10 mol % of Magnesium
http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/ja1052973

2010/08/30

[GAMESS] 1,3,5-trimethoxybenzene

GAMESS calculation results - kyoroski

DFT-geometrical optimization of 1,3,5-trimethoxybenzene was performed at the B3LYP/6-31G(d) level. Then energy levels were calculated at the same level.

Content of the input file from here -----
! DFT, B3LYP/6-31G(d), optimization
$CONTRL DFTTYP=B3LYP SCFTYP=RHF RUNTYP=OPTIMIZE $END
$SYSTEM TIMLIM=600000 MEMORY=80000000 $END
$STATPT OPTTOL=0.0001 NSTEP=100 PROJCT=.FALSE. $END
$BASIS GBASIS=N31 NGAUSS=6 NDFUNC=1 $END
$GUESS GUESS=HUCKEL $END
$SCF DIRSCF =.TRUE. $END
$DATA

C1
C 6.0 -3.3079587116 2.6849367244 -0.3647525567
C 6.0 -4.4794259368 1.9669132780 -0.1061929370
C 6.0 -4.4424106566 0.5799933978 0.0395262765
C 6.0 -3.2215756880 -0.0917590951 -0.0747119247
C 6.0 -2.0460059219 0.6143034761 -0.3309553395
C 6.0 -2.0954668116 2.0040107839 -0.4758978400
O 8.0 -3.4838962611 4.0374748200 -0.4857721345
H 1.0 -5.4071140799 2.5237259686 -0.0250451496
O 8.0 -5.5168706712 -0.2302656681 0.2924570183
H 1.0 -1.1652252314 2.5257589825 -0.6750455548
O 8.0 -0.7955197784 0.0720792086 -0.4622458953
C 6.0 -2.3235026686 4.8140726858 -0.7570971970
H 1.0 -1.8766406165 4.5342613846 -1.7168853984
H 1.0 -1.5959429390 4.7346998573 0.0574523222
H 1.0 -2.6316708114 5.8617069106 -0.8266697104
H 1.0 -3.2242685369 -1.1704268778 0.0423344669
C 6.0 -6.7819428559 0.4053041611 0.4298560336
C 6.0 -0.6874688609 -1.3376216640 -0.3063348958
H 1.0 -7.5256957300 -0.3715494267 0.6315452937
H 1.0 -7.0723216421 0.9113198868 -0.4968292141
H 1.0 -6.7858123202 1.0978844645 1.2780919754
H 1.0 0.3656585634 -1.6075009127 -0.4305665537
H 1.0 -1.2592836142 -1.8648576253 -1.0771419499
H 1.0 -0.9943515573 -1.6487410780 0.6977776661
$END
to here -----

Results of geometrical optimization...
HOMO (-5.52 eV)。

LUMO (+0.82 eV)。

2010/08/29

[GAMESS] 1,4-dimethoxybenzene (1,4-ジメトキシベンゼン)

GAMESS calculation results - kyoroski

DFT-geometrical optimization of 1,4-dimethoxybenzene (1,4-ジメトキシベンゼン) was performed at the B3LYP/6-31G(d) level. Then energy levels were calculated at the same level.

Content of the input file from here -----
! DFT, B3LYP/6-31G(d), optimization
$CONTRL DFTTYP=B3LYP SCFTYP=RHF RUNTYP=OPTIMIZE $END
$SYSTEM TIMLIM=600000 MEMORY=80000000 $END
$STATPT OPTTOL=0.0001 NSTEP=100 PROJCT=.FALSE. $END
$BASIS GBASIS=N31 NGAUSS=6 NDFUNC=1 $END
$GUESS GUESS=HUCKEL $END
$SCF DIRSCF =.TRUE. $END

$DATA

C1
C 6.0 -3.3546122015 2.5364130233 -0.3222571846
C 6.0 -4.5155085790 1.7985664311 -0.0778228164
C 6.0 -4.4692657736 0.4062506573 0.0526678590
C 6.0 -3.2523114393 -0.2634047949 -0.0599341473
C 6.0 -2.0908758486 0.4744743406 -0.2974321707
C 6.0 -2.1374502701 1.8675120646 -0.4291688496
O 8.0 -3.5459805664 3.8856288105 -0.4315964280
H 1.0 -5.4689404569 2.3143829427 0.0105431570
O 8.0 -3.0623701118 -1.6135651254 0.0427282168
H 1.0 -5.3991396954 -0.1185168113 0.2418212141
H 1.0 -1.2065486950 2.3924604720 -0.6129327858
H 1.0 -1.1370197115 -0.0405097143 -0.3828605984
C 6.0 -2.4008493103 4.6728437213 -0.7340927614
C 6.0 -4.2237079969 -2.4119288932 0.2320589903
H 1.0 -1.9666046125 4.3855264851 -1.6974481921
H 1.0 -1.6584892696 4.6135641498 0.0685257489
H 1.0 -2.7234856888 5.7155763575 -0.8126733091
H 1.0 -4.7118156893 -2.1784277549 1.1840404557
H 1.0 -3.9073512154 -3.4588047543 0.2682643171
H 1.0 -4.9193905159 -2.3034717539 -0.6067944470
$END
to here -----

Results of geometrical optimization...
HOMO (-5.20 eV)。

LUMO (+0.16 eV)。

2010/08/28

お好み焼き

山陽自動車道沼田PAにて

お好み焼き。広島焼きいうな。

[GAMESS] benzotrifluoride

GAMESS calculation results - kyoroski

[GAMESS] GAMESSでかんたん(?)分子軌道計算…その1：インストールから計算実行まで。ただしMac版。
http://kyoroski.blogspot.com/2010/08/gamess-gamess1mac.html

ベンゾトリフルオリドのHOMO近辺の準位の軌道。
DFT, B3LYP/6-31G(d)で構造最適化＆計算。

ここから入力ファイルの中身-----
! DFT, B3LYP/6-31G(d), optimization
$CONTRL DFTTYP=B3LYP SCFTYP=RHF RUNTYP=OPTIMIZE $END
$SYSTEM TIMLIM=600000 MEMORY=80000000 $END
$STATPT OPTTOL=0.0001 NSTEP=200 PROJCT=.FALSE. $END
$BASIS GBASIS=N31 NGAUSS=6 NDFUNC=1 $END
$GUESS GUESS=HUCKEL $END
$SCF DIRSCF =.TRUE. $END

$DATA

C1
C 6.0 -2.4514856144 3.1454522878 -0.0076063070
C 6.0 -3.6828462500 2.4876052614 0.0049764411
C 6.0 -3.7298547627 1.0951175047 0.0451086879
C 6.0 -2.5474381702 0.3573613014 0.0708323891
C 6.0 -1.3151530721 1.0126604583 0.0587684076
C 6.0 -1.2535651062 2.4150551138 0.0264189762
H 1.0 -2.4303700455 4.2336649581 -0.0424677397
H 1.0 -4.6061605956 3.0612833023 -0.0180325272
H 1.0 -2.5858942707 -0.7288406177 0.0988941292
H 1.0 -4.6891410623 0.5840800637 0.0541843888
H 1.0 -0.3983857477 0.4251255270 0.0762890900
C 6.0 0.0819010038 3.1156135741 -0.0072873677
F 9.0 1.0039754339 2.5385870735 0.8137245280
F 9.0 0.0174722893 4.4233287411 0.3709859061
F 9.0 0.6373278372 3.1141274273 -1.2507008588
$END
ここまで-----

最適化構造。
↓HOMO (-7.16 eV)。

↓LUMO (-0.63 eV)。

モデリング: Avogadro
http://avogadro.openmolecules.net/wiki/Main_Page
軌道計算: GAMESS-US
http://www.msg.chem.iastate.edu/gamess/
軌道表示: MacMolPlt
http://www.scl.ameslab.gov/MacMolPlt/

2010/08/27

第30回勤務先の停電対策

職場のエレベータが止まりました。

☆Done
ゼミ（学会発表練習）、出張準備、論文作成、その他雑務。

☆レガシーメディア
東レ、太陽電池用ＰＥＴフィルムの海外生産体制拡充（化学工業日報）
http://www.chemicaldaily.co.jp/news/201008/27/01201_2121.html

大阪合成有機化学研、医薬品合成向け縮合剤を開発（化学工業日報）
http://www.chemicaldaily.co.jp/news/201008/27/01602_2131.html

地球全体のオゾン量が０９年度２．３％減－環境省監視結果（化学工業日報）
http://www.chemicaldaily.co.jp/news/201008/27/04101_4138.html

旭化成と東北大、高品質の窒化ガリウム単結晶製造技術を開発（日刊工業新聞）
http://www.nikkan.co.jp/news/nkx0720100827eaab.html

東大など４大学、アップル動画無料配信活用し講義・アニメ情報発信（日刊工業新聞）
http://www.nikkan.co.jp/news/nkx0520100827ecaf.html

２０１１概算要求／国交省、ゲリラ豪雨対策強化（日刊工業新聞）
http://www.nikkan.co.jp/news/nkx0520100827caad.html

☆Weblog
世界の将来はどうなるか（代表戸締役 ◆jJEom8Ii3Eの妄言）
http://blogs.yahoo.co.jp/daitojimari/61505951.htmll

技術者の地位（アマチュアサイエンティスト）
http://page-only-one.cocolog-nifty.com/imotora7/2010/08/post-2e55.html

☆論文・総説
Supported thin flexible polymethylhydrosiloxane permeable films functionalised with silole groups: new approach for detection of nitroaromatics
http://pubs.rsc.org/en/Content/ArticleLanding/2010/JM/C0JM01165G

Copper-Catalyzed Aerobic Oxidative Functionalization of an Arene C－H Bond: Evidence for an Aryl-Copper(III) Intermediate
http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/ja1045378

Catalytic Asymmetric Aza-Morita－Baylis－Hillman Reaction of Methyl Acrylate: Role of a Bifunctional La(O-iPr)3/Linked-BINOL Complex
http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/ja103294a

[GAMESS] benzaldehyde

GAMESS calculation results - kyoroski

[GAMESS] GAMESSでかんたん(?)分子軌道計算…その1：インストールから計算実行まで。ただしMac版。
http://kyoroski.blogspot.com/2010/08/gamess-gamess1mac.html

ベンズアルデヒドのHOMO近辺の準位の軌道。
DFT, B3LYP/6-31G(d)で構造最適化＆計算。

ここから入力ファイルの中身-----
! DFT, B3LYP/6-31+G(d), optimization
$CONTRL DFTTYP=B3LYP SCFTYP=RHF RUNTYP=OPTIMIZE MAXIT=100 $END
$SYSTEM TIMLIM=600000 MEMORY=80000000 $END
$STATPT OPTTOL=0.0001 NSTEP=100 PROJCT=.FALSE. $END
$BASIS GBASIS=N31 NGAUSS=6 NDFUNC=1 DIFFSP=.TRUE. $END
$GUESS GUESS=HUCKEL $END
$SCF DIRSCF =.TRUE. FDIFF =.FALSE. $END

$DATA

C1
C 6.0 -1.7458036255 2.7221256277 0.0988057167
C 6.0 -2.9667600924 2.0499540465 0.1793587572
C 6.0 -2.9998070415 0.6544363910 0.1576028383
C 6.0 -1.8139967425 -0.0745145980 0.0553537156
C 6.0 -0.5907493286 0.5915035966 -0.0254818274
C 6.0 -0.5600374394 1.9887549703 -0.0035180304
H 1.0 -1.7332891011 3.8083931566 0.1167375049
H 1.0 -3.8941132216 2.6120573295 0.2591818114
H 1.0 -1.8420248807 -1.1612334551 0.0385857600
H 1.0 -3.9520145974 0.1328937635 0.2204721592
C 6.0 0.7284651551 2.7045204088 -0.0884168859
H 1.0 0.3330783468 0.0224829648 -0.1051607534
O 8.0 1.7988013051 2.1163707548 -0.1795429749
H 1.0 0.6811725608 3.8062401677 -0.0656539874
$END
ここまで-----

最適化構造。
↓HOMOよりひとつ低い準位の軌道 (-7.40 eV)。

↓HOMO (-7.21 eV)。

↓LUMO (-0.79 eV)。

モデリング: Avogadro
http://avogadro.openmolecules.net/wiki/Main_Page
軌道計算: GAMESS-US
http://www.msg.chem.iastate.edu/gamess/
軌道表示: MacMolPlt
http://www.scl.ameslab.gov/MacMolPlt/

2010/08/26

第29回 twitterアカウントが月刊「化学」に

あああ野望が（笑）

☆Done
論文書き、研究予算関連書類作成、その他雑務。

☆レガシーメディア
本州化学、ビスフェノールＦを第５のコア事業に（化学工業日報）
http://www.chemicaldaily.co.jp/news/index.html
↑HOC₆H₄CH2C₆H₄OH

東大、化学チップデバイス開発－ガラスに４０ナノ幅の溝（日刊工業新聞）
http://www.nikkan.co.jp/news/nkx0720100826aaah.html

セントラル硝子、フッ素ガスのオンサイト供給開始（日刊工業新聞）
http://www.nikkan.co.jp/news/nkx0820100826cbad.html

シナジーテック、ＬＥＤ使った卓上タイプの小型植物工場をレンタル（日刊工業新聞）
http://www.nikkan.co.jp/news/nkx1420100826aaac.html

☆Weblog
第960回　米国二番底懸念強まる　続、サルコジの陰謀（代表戸締役 ◆jJEom8Ii3Eの妄言）
http://blogs.yahoo.co.jp/daitojimari/61497947.html

☆論文・総説
Ligand-free, atom-efficient Suzuki–Miyaura type cross-coupling reactions at room temperature
http://dx.doi.org/10.1016/j.tet.2010.07.022

Direct oxidative coupling of benzenes with acrylonitriles to cinnamonitriles catalyzed by Pd(OAc)2/HPMoV/O2 system
http://pubs.rsc.org/en/Content/ArticleLanding/2010/OB/C0OB00176G
↑大洞先生/石井先生

[GAMESS] pyridine

GAMESS calculation results - kyoroski

[GAMESS] GAMESSでかんたん(?)分子軌道計算…その1：インストールから計算実行まで。ただしMac版。
http://kyoroski.blogspot.com/2010/08/gamess-gamess1mac.html

ピリジンのHOMO近辺の準位の軌道。
DFT, B3LYP/6-31G(d)で構造最適化＆計算。

ここから入力ファイルの中身-----
! DFT, B3LYP/6-31G(d), optimization
$CONTRL DFTTYP=B3LYP SCFTYP=RHF RUNTYP=OPTIMIZE $END
$SYSTEM TIMLIM=600000 MEMORY=80000000 $END
$STATPT OPTTOL=0.0001 NSTEP=200 PROJCT=.FALSE. $END
$BASIS GBASIS=N31 NGAUSS=6 NDFUNC=1 $END
$GUESS GUESS=HUCKEL $END
$SCF DIRSCF =.TRUE. $END

$DATA

C1
C 6.0 -1.5660781873 3.3964896113 0.0038031030
C 6.0 -2.8116039409 2.7890021651 0.0004272103
C 6.0 -2.8655694775 1.3991323357 0.0012443242
C 6.0 -1.6802500666 0.6713606921 0.0053796812
C 6.0 -0.4828904778 1.3690046101 0.0085447277
N 7.0 -0.3985418984 2.7171618879 0.0078499054
H 1.0 -1.4713785173 4.4787130077 0.0033277926
H 1.0 -3.7171278791 3.3848200369 -0.0027601389
H 1.0 -1.6883625235 -0.4125749072 0.0061207264
H 1.0 -3.8236974631 0.8872447056 -0.0013211081
H 1.0 0.4693441340 0.8461143245 0.0118232533
$END
ここまで-----

最適化構造。
↓HOMOよりひとつ低い準位の軌道 (-7.02 eV)。

↓HOMO (-6.78 eV)。

↓LUMO (-0.52 eV)。

モデリング: Avogadro
http://avogadro.openmolecules.net/wiki/Main_Page
軌道計算: GAMESS-US
http://www.msg.chem.iastate.edu/gamess/
軌道表示: MacMolPlt
http://www.scl.ameslab.gov/MacMolPlt/

2010/08/25

第28回 CGと格闘

画像処理に奮闘。集中して1時間程度。

☆Done
研究室ゼミ（検討会）、論文書き、学会発表打ち合わせ、Web更新、その他雑務。

☆レガシーメディア
三井化学、第４世代メタセシス触媒を開発（化学工業日報）
http://www.chemicaldaily.co.jp/news/201008/25/01201_2123.html

高砂熱学、水素利用型蓄電池の試作機開発－発電・充電の両機能を搭載（日刊工業新聞）
http://www.nikkan.co.jp/news/nkx0120100825baao.html

物材機構、高誘電体シート開発し世界最高性能のコンデンサー素子を作製（日刊工業新聞）
http://www.nikkan.co.jp/news/nkx0720100825eaab.html

ＮＥＤＯなど、近接場光使い室温で動作する全光ナノスイッチを開発（日刊工業新聞）
http://www.nikkan.co.jp/news/nkx0720100825eaaj.html

☆Weblog
第959回　無策な日本政府　世界は二番底懸念（代表戸締役 ◆jJEom8Ii3Eの妄言）
http://blogs.yahoo.co.jp/daitojimari/61489763.html

☆論文・総説
CPhotophysics of Fluorene Copolymers Containing 1,3,4-Oxadiazole or 1,3,4-Oxadiazole anTwo-step thermochromism in poly(3-docosoxy-4-methylthiophene): Mechanistic similarity to poly(3-docosylthiophene)
http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/pola.24236/abstract

Allyl sulfonium salt as a novel initiator for active cationic polymerization of epoxide by shooting with radicals species
http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/pola.24198/abstract

[GAMESS] benzonic acid

GAMESS calculation results - kyoroski

[GAMESS] GAMESSでかんたん(?)分子軌道計算…その1：インストールから計算実行まで。ただしMac版。
http://kyoroski.blogspot.com/2010/08/gamess-gamess1mac.html

安息香酸のHOMO近辺の準位の軌道。
DFT, B3LYP/6-31G(d)で構造最適化＆計算。

ここから入力ファイルの中身-----
! DFT, B3LYP/6-31G(d), optimization
$CONTRL DFTTYP=B3LYP SCFTYP=RHF RUNTYP=OPTIMIZE $END
$SYSTEM TIMLIM=600000 MEMORY=80000000 $END
$STATPT OPTTOL=0.0001 NSTEP=200 PROJCT=.FALSE. $END
$BASIS GBASIS=N31 NGAUSS=6 NDFUNC=1 $END
$GUESS GUESS=HUCKEL $END
$SCF DIRSCF =.TRUE. $END

$DATA

C1
C 6.0 -1.2637140260 3.7709242931 -0.0012817994
C 6.0 -2.4797703191 3.0839320414 -0.0033824150
C 6.0 -2.4946517345 1.6891249000 0.0017148697
C 6.0 -1.2958196398 0.9765378556 0.0088533637
C 6.0 -0.0782300476 1.6594986509 0.0109244307
C 6.0 -0.0572070940 3.0599968458 0.0059285767
H 1.0 -3.4427403234 1.1562732080 0.0001149161
H 1.0 -3.4157693190 3.6374703043 -0.0089845000
H 1.0 -1.2678597980 4.8582775952 -0.0053233222
H 1.0 0.8534175297 1.0967473454 0.0165074963
H 1.0 -1.3085719391 -0.1107657010 0.0128228039
C 6.0 1.2591828773 3.7429058314 0.0085120113
O 8.0 1.1536570091 5.0836470449 0.0057668483
O 8.0 2.3468080742 3.1963528925 0.0129759616
H 1.0 2.0843832441 5.3902249877 0.0083186330
$END
ここまで-----

最適化構造。
↓HOMO (-6.99 eV)。

↓LUMO (-1.22 eV)。

モデリング: Avogadro
http://avogadro.openmolecules.net/wiki/Main_Page
軌道計算: GAMESS-US
http://www.msg.chem.iastate.edu/gamess/
軌道表示: MacMolPlt
http://www.scl.ameslab.gov/MacMolPlt/

2010/08/24

第27回 GCと格闘

暑くてドロドロですわ。

☆Done
論文書き、学会発表打ち合わせ、GC調整、その他雑務。

☆レガシーメディア
合成染料、１－６月生産が３９％増加（化学工業日報）
http://www.chemicaldaily.co.jp/news/201008/24/01601_4435.html

日本ゼオン、ＮＢＲラテックスの高機能化推進（化学工業日報）
http://www.chemicaldaily.co.jp/news/201008/24/01201_2121.html

三菱長崎機工、化石燃料不要の汚泥処理プラント普及へ（日刊工業新聞）
http://www.nikkan.co.jp/news/nkx0120100824baab.html

ＰＥＶＥ、ＨＶ電池２割減産－“補助金”終了で調整（日刊工業新聞）
http://www.nikkan.co.jp/news/nkx0420100824aaab.html

東大、特定のにおいに反応する細胞使ったセンサー試作（日刊工業新聞）
http://www.nikkan.co.jp/news/nkx0720100824eaah.html

☆論文・総説
CPhotophysics of Fluorene Copolymers Containing 1,3,4-Oxadiazole or 1,3,4-Oxadiazole and Carbazole Units
http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/jp104725u

Tetrakis(dimethylamido)hafnium Adsorption and Reaction on Hydrogen Terminated Si(100) Surfaces
http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/jp101363r

(TD-)DFT Calculation of Vibrational and Vibronic Spectra of Riboflavin in Solution
http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/jp100642c

Effects of Structural Fluctuations on Two-Photon Absorption Activity of Interacting Dipolar Chromophores
http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/jp103791s

Electrochemical Behavior of Electropolymerized and Chemically Synthesized
Hyperbranched Polythiophenes
http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/jp1035629

[GAMESS] benzonitrile

↓LUMO (-1.69 eV)。

モデリング: Avogadro
http://avogadro.openmolecules.net/wiki/Main_Page
軌道計算: GAMESS-US
http://www.msg.chem.iastate.edu/gamess/
軌道表示: MacMolPlt
http://www.scl.ameslab.gov/MacMolPlt/

2010/08/23

第26回ブドウのテカりは異常気象が原因か

ここ数日と同様、暑かった。ブドウの収穫は着々と…

☆Done
論文書き、修論打ち合わせ、その他雑務。

☆レガシーメディア
三菱商事、シリコーン事業を子会社に移管（化学工業日報）
http://www.chemicaldaily.co.jp/news/201008/23/02201_2121.html

出光興産、石油製品の輸出体制を強化（化学工業日報）
http://www.chemicaldaily.co.jp/news/201008/23/01201_2121.html

経産省、改正化審法の評価手法策定に着手（化学工業日報）
http://www.chemicaldaily.co.jp/news/201008/23/04101_4138.html

たんぱく質と水和水の揺らぎ、生命機能発現に役割－原子力機構など解明（日刊工業新聞）
http://www.nikkan.co.jp/news/nkx0720100823eaaj.html

☆Weblog
第957回　悪化の予兆　今週の予定（代表戸締役 ◆jJEom8Ii3Eの妄言）
http://blogs.yahoo.co.jp/daitojimari/61472164.htmlml

☆論文・総説
Cyanation of Arenes via Iridium-Catalyzed Borylation
http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/ja104442v

Series behavior of lanthanoid(III) complexes with the α-1-Wells-Dawson heteropolyoxoanion in acetonitrile: electrochemistry and Ln coordination
http://pubs.rsc.org/en/Content/ArticleLanding/2010/DT/C0DT00394H

Ultra-Broad Optical Amplification and Two-Colour Amplified Spontaneous Emission in Binary Blends of Insulated Molecular Wires
http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/adma.201000895/abstract

[GAMESS] m-xylene

m-キシレンのHOMO近辺の準位の軌道。
DFT, B3LYP/6-31G(d)で構造最適化＆計算。

ここから入力ファイルの中身-----
! DFT, B3LYP/6-31G(d), optimization
$CONTRL DFTTYP=B3LYP SCFTYP=RHF RUNTYP=OPTIMIZE $END
$SYSTEM TIMLIM=600000 MEMORY=80000000 $END
$STATPT OPTTOL=0.0001 NSTEP=200 PROJCT=.FALSE. $END
$BASIS GBASIS=N31 NGAUSS=6 NDFUNC=1 $END
$GUESS GUESS=HUCKEL $END
$SCF DIRSCF =.TRUE. $END

$DATA

C1
C 6.0 -2.4277417546 3.2400621359 -0.0144376686
C 6.0 -3.6660210441 2.5990876354 0.0024013777
C 6.0 -3.7332842551 1.2062265248 0.0419772749
C 6.0 -2.5613938273 0.4430177084 0.0648950049
C 6.0 -1.3200215114 1.0955248383 0.0470952031
C 6.0 -1.2438809346 2.4937630828 0.0090106449
H 1.0 -2.3899269030 4.3264626412 -0.0461185363
H 1.0 -4.5806554729 3.1856873745 -0.0157233977
C 6.0 -2.6170002627 -1.0553307350 0.1057917420
H 1.0 -4.7069416397 0.7224606563 0.0543842475
H 1.0 -0.4062840841 0.5045714160 0.0633957568
C 6.0 0.0821738196 3.1943263553 -0.0135336963
H 1.0 0.9134173931 2.4837926413 0.0423524985
H 1.0 0.1649470677 3.8734226454 0.8411541357
H 1.0 0.1899923736 3.7666121857 -0.9404631925
H 1.0 -3.6496836297 -1.4189305063 0.1254778581
H 1.0 -2.1135970245 -1.4270435032 1.0040600228
H 1.0 -2.1299170812 -1.4748965658 -0.7802795946
$END
ここまで-----

最適化構造。
↓HOMO (-6.14 eV)。

↓LUMO (+0.24 eV)。

モデリング: Avogadro
http://avogadro.openmolecules.net/wiki/Main_Page
軌道計算: GAMESS-US
http://www.msg.chem.iastate.edu/gamess/
軌道表示: MacMolPlt
http://www.scl.ameslab.gov/MacMolPlt/

2010/08/22

[GAMESS] o-xylene

↓LUMO (+0.30 eV)。

モデリング: Avogadro
http://avogadro.openmolecules.net/wiki/Main_Page
軌道計算: GAMESS-US
http://www.msg.chem.iastate.edu/gamess/
軌道表示: MacMolPlt
http://www.scl.ameslab.gov/MacMolPlt/

2010/08/21

[GAMESS] p-xylene

GAMESS calculation results - kyoroski
http://www8.ocn.ne.jp/~ymakioka/

[GAMESS] GAMESSでかんたん(?)分子軌道計算…その1：インストールから計算実行まで。ただしMac版。
http://kyoroski.blogspot.com/2010/08/gamess-gamess1mac.html

p-キシレンのHOMO近辺の準位の軌道。
DFT, B3LYP/6-31G(d)で構造最適化＆計算。

ここから入力ファイルの中身-----
! DFT, B3LYP/6-31G(d), optimization
$CONTRL DFTTYP=B3LYP SCFTYP=RHF RUNTYP=OPTIMIZE $END
$SYSTEM TIMLIM=600000 MEMORY=80000000 $END
$STATPT OPTTOL=0.0001 NSTEP=100 PROJCT=.FALSE. $END
$BASIS GBASIS=N31 NGAUSS=6 NDFUNC=1 $END
$GUESS GUESS=HUCKEL $END
$SCF DIRSCF =.TRUE. $END

$DATA

C1
C 6.0 -1.2644067139 2.9223057300 -0.0012145878
C 6.0 -2.6530841279 2.7678990281 -0.0045510550
C 6.0 -3.2241205446 1.4909868549 -0.0042803166
C 6.0 -2.3836915017 0.3715879019 -0.0017859800
C 6.0 -0.9950137694 0.5259945045 0.0014085598
C 6.0 -0.4239802090 1.8029076835 0.0023062359
H 1.0 -0.8410116388 3.9239424153 -0.0016368478
H 1.0 -3.2838068623 3.6534703389 -0.0075189087
H 1.0 -2.8070836384 -0.6300497881 -0.0025768165
C 6.0 -4.7125097450 1.3098623160 -0.0099061118
C 6.0 1.0644195008 1.9840284207 0.0036439587
H 1.0 -0.3642877080 -0.3595779422 0.0030289049
H 1.0 -5.2347786277 2.2721705000 0.0028969648
H 1.0 -5.0274424329 0.7460031623 0.8741284894
H 1.0 -5.0232242941 0.7708276422 -0.9107224969
H 1.0 1.5866151746 1.0217467482 0.0207141501
H 1.0 1.3750251623 2.5494573904 0.8882067611
H 1.0 1.3795405868 2.5214644729 -0.8965965837
$END! DFT, B3LYP/6-31G(d), optimization
$CONTRL DFTTYP=B3LYP SCFTYP=RHF RUNTYP=OPTIMIZE $END
$SYSTEM TIMLIM=600000 MEMORY=80000000 $END
$STATPT OPTTOL=0.0001 NSTEP=200 PROJCT=.FALSE. $END
$BASIS GBASIS=N31 NGAUSS=6 NDFUNC=1 $END
$GUESS GUESS=HUCKEL $END
$SCF DIRSCF =.TRUE. $END

$DATA

C1
C 6.0 -1.2673659518 3.6773542377 -0.0000329452
C 6.0 -2.4794406843 2.9686819163 -0.0002012016
C 6.0 -2.4912339131 1.5744067864 0.0035234067
C 6.0 -1.2917436069 0.8701959828 0.0076860652
C 6.0 -0.0800023782 1.5600050445 0.0085295704
C 6.0 -0.0518771631 2.9637674898 0.0054416749
H 1.0 -3.4368489659 1.0389787362 0.0030930069
H 1.0 -3.4276671694 3.5019853005 -0.0034195874
C 6.0 -1.2942924038 5.1813806335 -0.0034467573
H 1.0 0.8478122457 0.9919120629 0.0117959638
H 1.0 -1.2984386277 -0.2164474043 0.0103583337
C 6.0 1.2745710887 3.6732298863 0.0057971851
H 1.0 2.1096734100 2.9649638308 0.0215649043
H 1.0 1.3659549406 4.3088001148 0.8922307163
H 1.0 1.3783025031 4.2852340258 -0.8957215927
H 1.0 -2.3197696782 5.5653919869 -0.0187657630
H 1.0 -0.7849222120 5.5690938480 -0.8912923273
H 1.0 -0.8093596328 5.5720651583 0.8966844803
$END
ここまで-----

最適化構造。
↓HOMO (-6.04 eV)。

↓LUMO (+0.19 eV)。

モデリング: Avogadro
http://avogadro.openmolecules.net/wiki/Main_Page
軌道計算: GAMESS-US
http://www.msg.chem.iastate.edu/gamess/
軌道表示: MacMolPlt
http://www.scl.ameslab.gov/MacMolPlt/

2010/08/20

第25回 BGMが欲しくなった

普段はiTunesだが、今日はradiko起動。

☆Done
論文書き、その他雑務。

☆レガシーメディア
旭化成、合成ゴム工場でＶＯＣ削減が進展（化学工業日報）
http://www.chemicaldaily.co.jp/news/201008/20/04101_2138.html

有機合成薬品、来春にもポーマー用触媒事業化（化学工業日報）
http://www.chemicaldaily.co.jp/news/201008/20/01601_2121.html
↑ポーマー？記事の内容から重合触媒のようです。

島津、ターボ分子ポンプの月産能力を１００台増の９００第に（日刊工業新聞）
http://www.nikkan.co.jp/news/nkx0120100820baak.html

エルハーフ、毛髪１本で体内カルシウム量を検査（日刊工業新聞）
http://www.nikkan.co.jp/news/nkx0620100820hhaf.html

ネオジム合金メーカー、安定調達でベトナムに活路（日刊工業新聞）
http://www.nikkan.co.jp/news/nkx0820100820cbad.html

☆Weblog
第954回　チャイナバブル（代表戸締役 ◆jJEom8Ii3Eの妄言）
http://blogs.yahoo.co.jp/daitojimari/61443134.html

☆論文・総説
A New Class of Singlet Carbene Ligands
http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/chem.201001779/abstract

Practical iron-catalyzed dehalogenation of aryl halides
http://pubs.rsc.org/en/Content/ArticleLanding/2010/CC/C0CC01980A

Design and construction of an organic crystal with a novel interpenetrated n-Borromean linked topology
http://pubs.rsc.org/en/Content/ArticleLanding/2010/CC/C0CC01491E

Highly enantioselective hydroaminoalkylation of secondary amines catalyzed by group 5 metal amides with chiral biarylamidate ligands
http://pubs.rsc.org/en/Content/ArticleLanding/2010/CC/C0CC01265C

Electron-Donating and Rigid P-Stereogenic Bisphospholane Ligands for Highly Enantioselective Rhodium-Catalyzed Asymmetric Hydrogenations
http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/anie.201002990/abstract

Selective cine Substitution of 1-Arylethenyl Acetates with Arylboron Reagents and a Diene/Rhodium Catalyst
http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/anie.201002745/abstract
↑桑野先生

Use of N-Allylidene-1,1-diphenylethanamine as a Latent Acrolein Synthon in the Double Nucleophilic Addition Reaction of Ketene Silyl (Thio)acetals and Allylborolanes
http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/ol101061t

[GAMESS] toluene

↓LUMO (+0.19 eV)。

モデリング: Avogadro
http://avogadro.openmolecules.net/wiki/Main_Page
軌道計算: GAMESS-US
http://www.msg.chem.iastate.edu/gamess/
軌道表示: MacMolPlt
http://www.scl.ameslab.gov/MacMolPlt/

2010/08/19

第24回俳句とバイク

暑いです。

☆Done
スライド・論文書き、その他雑務。

☆レガシーメディア
花王、化学物質の用途情報も一括管理（化学工業日報）
http://www.chemicaldaily.co.jp/news/201008/19/04101_2138.html

千代田化工、太陽光発電所などグリーンエネ分野拡大（化学工業日報）
http://www.chemicaldaily.co.jp/news/201008/19/03301_2121.html

旭化成ケミカルズ、添加剤など高機能化学品事業育成（化学工業日報）
http://www.chemicaldaily.co.jp/news/201008/19/01201_2121.html

シャープ、中国で３Ｄテレビ事業展開－対応ＢＤ再生機も投入（日刊工業新聞）
http://www.nikkan.co.jp/news/nkx0320100819bjaj.html

メタウォーター、中国の浄水場３カ所からオゾン処理装置を受注（日刊工業新聞）
http://www.nikkan.co.jp/news/nkx0520100819caad.html

メンデルの優性の法則、優性側が劣性側の遺伝子抑制－奈良先端大が解明（日刊工業新聞）
http://www.nikkan.co.jp/news/nkx0720100819eaah.html

住江織物、再生ポリエステル長繊維の外販強化－豪・中近東に照準（日刊工業新聞）
http://www.nikkan.co.jp/news/nkx0820100819cbai.html

大阪の軽量Ｃ形鋼、下落－荷動き悪く１０万円割れ（日刊工業新聞）
http://www.nikkan.co.jp/news/nkx1220100819ddae.html

東工取の中東産原油、６営業日ぶり反発（日刊工業新聞）
http://www.nikkan.co.jp/news/nkx1220100819ddah.html

大阪府八尾市と地元企業、新任教職員４０人にモノづくり研修（日刊工業新聞）
http://www.nikkan.co.jp/news/nkx1420100819bbac.html

☆Weblog
第954回　チャイナバブル（代表戸締役 ◆jJEom8Ii3Eの妄言）
http://blogs.yahoo.co.jp/daitojimari/61443134.html

☆論文・総説
Synthesis of fused phenylcarbazole phosphine oxide based high triplet energy host materials
http://dx.doi.org/10.1016/j.tet.2010.07.008

Direct Aerobic Photo-Oxidative Synthesis of Aromatic Methyl Esters from Methyl Aromatics via Dimethyl Acetals
http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/ol1014575

Highly Selective Nickel-Catalyzed Three-Component Coupling of Alkynes with Enones and Alkenyl Boronic Acids: A Novel Route to Substituted 1,3-Dienes
http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/ol101319f

Highly Regioselective Palladium-Catalyzed Direct Arylation of Oxazole at C-2 or C-5 with Aryl Bromides, Chlorides, and Triflates
http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/ol1011778

Use of N-Allylidene-1,1-diphenylethanamine as a Latent Acrolein Synthon in the Double Nucleophilic Addition Reaction of Ketene Silyl (Thio)acetals and Allylborolanes
http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/ol101061t

[GAMESS] aniline

↓LUMO (+0.35 eV)。

モデリング: Avogadro
http://avogadro.openmolecules.net/wiki/Main_Page
軌道計算: GAMESS-US
http://www.msg.chem.iastate.edu/gamess/
軌道表示: MacMolPlt
http://www.scl.ameslab.gov/MacMolPlt/

2010/08/18

[GAMESS] GAMESSでかんたん(?)分子軌道計算…その1：インストールから計算実行まで。ただしMac版。

「分子軌道計算ソフトを走らせると他の作業ができなくなる」といわれますが、Mac版GAMESSは多数の計算を並行して行わない限り、計算中でも通常の作業を軽々と行うことができます（もちろんCPUは計算中常にフル稼働しています）。

1. GAMESSのインストールと設定
まずはhttp://www.msg.chem.iastate.edu/gamess/からGAMESSを入手します。MacOS X, インテルCPU, 64ビット版がベストかと。

↓入手した"gamess-OSX.Current.x86-64.tar"を解凍します。ダブルクリックでOK。

↓gamessフォルダが生成されます。"アプリケーション"フォルダにでも移動しておきましょう。

↓gamessフォルダの中にあるGamessQ（こいつがジョブ管利用のソフトです）を起動します。

↓初めて起動するとこのような設定を求められるかもしれません。求められなくても、GamessQ-Preferencesから設定を。

↓"Spool Directory"…GAMESSが吐き出すログや一時ファイルを保存するフォルダです。デスクトップ上にフォルダを作っておくと良いかもしれません。

↓"GAMESS Path"…gamessフォルダを指定します。

これでGAMESSの設定は完了です。ここまでは一度行うだけでOK。

2. 分子のモデリングと入力ファイルの作成
ベンゼンを例に。
Avogadroはhttp://avogadro.openmolecules.net/wiki/Main_Pageから入手できます。まだ少しバギーでたまに落ちます。Avogadro上でGAMESS用の入力ファイルを作成することはできますが、私はAvogadroで作成した座標データファイルに予め作成してあるパラメータファイルを貼付けてGAMESS入力ファイルとしています。手順は以下の通り。

↓Avogadroを起動します。

↓適当にベンゼンを描きます。

↓ジオメトリ最適化を行います。「美しい」構造になっていなければもう一度ジオメトリ最適化をして美しくします。

↓ファイルとして保存します。

↓保存形式は“GAMESS インプット (*.gamin)"でいいと思います。

↓このようなファイルができます。

↓拡張子を"gamin"から"inp"に変更します。OSが何か言ってきますので、"'.inp'を使用"を選びます。

↓拡張子が変わりました。

↓テキストエディットでファイルを開きます。"開く…”からでもdrag&dropでも良いですが、ダブルクリックで開くのは避けた方がいいと思います。

↓GAMESS用のミニマムなパラメータと原子の座標データが入っているのがわかるかと思います。最初の1行は不要なので…

↓予め別のテキストファイルで作成しておいたGAMESS用のパラメータをコピーし…

↓ペーストして置き換え、保存します。

これで入力ファイルが作成できました。

3. GAMESSで計算実行

↓作成した入力ファイルをGamessQにdrag&dropするか、GamessQを起動し、"Add"から入力ファイルを開きます。

↓"Processors"を指定します。CPUのコア数と同じにしておくのが無難かもしれません（計算中もWordやExcel、Webブラウザ等はストレスなく使えます。）。数値が大き過ぎると重い作業がしずらくなるかも。

↓ジョブが追加されました。既に走っているジョブがなければ、すぐに計算が始まります。

↓計算が実行されているかどうかは、"Status"カラムでチェックできます。
"Runnung"が計算実行中、"Pending"が実行待ち、"Paused"が一時停止、"Done"が計算終了、"Canceled"がキャンセル済み、"Error"がエラーでストップ、です。

計算の進み具合は、GamessQの"Spool Directory"で指定したフォルダの中にある"log"という拡張子のファイルをMacMolPlt (http://www.scl.ameslab.gov/MacMolPlt/)にdrag&dropするかテキストエディットで開くかすれば確認できます。

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