kyoroski

2010/09/11

[GAMESS] I do not know how to run this node in parallel.

GAMESS(gamess.Mar252010R2.x)をインストールした後、GamessQの

で2以上の数値を入力すると、計算が実行される前にエラーとなり、

"I do not know how to run this node in parallel."

という1文がログファイルに書かれていました。
これではCore2Duoが持つパワーの半分しか使えません。

正確な対処法かどうかはよくわからないのですが、gamessフォルダの中のrungmsをテキストエディットで開き、

echo I do not know how to run this node in parallel.
exit 20

を

# echo I do not know how to run this node in parallel.
# exit 20

（つまり、行頭に"#"を追加）と変更すると一応望んでいたことができるようになりました。
OSがファイアウォール絡みでいろいろ訊いてきますが…

参考サイト:
http://x-ability.jp/GAMESS/gamess_us_setup.html

2010/09/10

第40回レンダリングとつじつまあわせ。

このジョブ解析、しんどかった。計算機にも頑張ってもらった。

☆Done
TDDFT2ジョブじっくり解析、その他雑務。

☆レガシーメディア
東大など、単一光子源で５０ｋｍの量子暗号鍵伝送実験に成功（日刊工業新聞）
http://www.nikkan.co.jp/news/nkx0720100910eaaa.html

ＡＮＡ、格安航空会社設立（日刊工業新聞）
http://www.nikkan.co.jp/news/nkx1120100910agag.html

鉄スクラップ低迷続く－関東鉄源協の輸出向け入札、円高が足かせに（日刊工業新聞）
http://www.nikkan.co.jp/news/nkx1220100910ddac.html

☆Weblog
第973回　速報！日本振興銀行破綻　ユーロ下落　新BIS規制（代表戸締役 ◆jJEom8Ii3Eの妄言）
http://blogs.yahoo.co.jp/daitojimari/61624255.html

原材料は天然、ホイホイの中にいます。（アマチュアサイエンティスト）
http://page-only-one.cocolog-nifty.com/imotora7/2010/09/post-dd81.html

集積会議？（大学教授のぶっちゃけ話）
http://junjikido.cocolog-nifty.com/blog/2010/09/post-49f6.html

☆論文・総説
Self-assembled organic–inorganic hybrid silica with ionic liquid framework: a novel support for the catalytic enantioselective Strecker reaction of imines using Yb(OTf)3–pybox catalyst
http://pubs.rsc.org/en/Content/ArticleLanding/2010/CC/C0CC01426E

Selective PP and POP Bond Formations through Copper-Catalyzed Aerobic Oxidative Dehydrogenative Couplings of H-Phosphonates
http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/anie.201003484/abstract

Gold(I)-Catalyzed Addition of Diphenyl Phosphate to Alkynes: Isomerization of Kinetic Enol Phosphates to the Thermodynamically Favored Isomers
http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/anie.201001799/abstract

Organic Transistors in Optical Displays and Microelectronic Applications
http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/adma.200903559/abstract

Steric Control in the Synthesis of Phosphinous Acid-Coordinated Mono- and Binuclear Platinum(II) Complexes
http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/om100602j

Synthesis and Structural Features of Boratabenzene Rare-Earth Metal Alkyl Complexes
http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/om1005116

Density functional study on the effect of substituent group for the monomer of donor-acceptor copolymer
http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/polb.22090/abstract

[GAMESS] triphenylene (トリフェニレン)

GAMESS calculation results - kyoroski
http://www8.ocn.ne.jp/~ymakioka/

[GAMESS] GAMESSでかんたん(?)分子軌道計算…その1：インストールから計算実行まで。ただしMac版。
http://kyoroski.blogspot.com/2010/08/gamess-gamess1mac.html

DFT-geometrical optimization of triphenylene (トリフェニレン) was performed at the B3LYP/6-31G(d) level. Then energy levels were calculated at the same level.

Content of the input file from here -----
! DFT, B3LYP/6-31G(d), optimization
$CONTRL DFTTYP=B3LYP SCFTYP=RHF RUNTYP=OPTIMIZE $END
$SYSTEM TIMLIM=600000 MEMORY=80000000 $END
$STATPT OPTTOL=0.0001 NSTEP=100 PROJCT=.FALSE. $END
$BASIS GBASIS=N31 NGAUSS=6 NDFUNC=1 $END
$GUESS GUESS=HUCKEL $END
$SCF DIRSCF =.TRUE. $END

$DATA

C1
C 6.0 -1.1742106566 1.8118913872 0.0729991933
C 6.0 0.2357480964 1.6451113941 0.0115238017
C 6.0 -2.0301957935 0.6623657832 0.1449761141
C 6.0 0.8030418233 0.3270625956 0.0123676294
C 6.0 -0.0446003591 -0.8113564885 0.0824326213
C 6.0 -1.4681707500 -0.6427870470 0.1515030798
C 6.0 -3.4497383846 0.7667578059 0.2138422458
C 6.0 -4.2972323064 -0.3376828626 0.2872353643
C 6.0 -3.7527633355 -1.6015580330 0.2946323892
C 6.0 -2.3677797350 -1.7454157760 0.2278341913
H 1.0 -3.9430132920 1.7339322431 0.2133701776
H 1.0 -5.3733364729 -0.1997084390 0.3385861434
H 1.0 -2.0039784131 -2.7681099967 0.2383033850
H 1.0 -4.3921361353 -2.4778563523 0.3519778093
C 6.0 -1.6795551892 3.1443064987 0.0606480543
C 6.0 1.0347878055 2.8235080641 -0.0492631114
C 6.0 0.5019042704 4.1118542888 -0.0560174725
C 6.0 -0.8637737392 4.2731506513 -0.0027580885
H 1.0 -2.7462052234 3.3414339570 0.1008811624
H 1.0 -1.3030632634 5.2664217786 -0.0087933764
H 1.0 2.1179731982 2.7666750688 -0.0925454214
H 1.0 1.1584729016 4.9756435441 -0.1033434209
C 6.0 2.2076650242 0.0969976133 -0.0570042964
C 6.0 0.5760996688 -2.0941979075 0.0799323737
C 6.0 1.9563313920 -2.2777592873 0.0112857661
C 6.0 2.7772921618 -1.1754386107 -0.0581039607
H 1.0 3.8555722482 -1.2926167204 -0.1137035061
H 1.0 2.9103680841 0.9225621380 -0.1153972186
H 1.0 -0.0134944317 -3.0041089535 0.1313476314
H 1.0 2.3761074824 -3.2796345822 0.0118395524
$END
to here -----

Results of geometrical optimization...
two HOMOs (-5.74 eV)。

two LUMOs (-0.84 eV)。

Molecule modeling: Avogadro
http://avogadro.openmolecules.net/wiki/Main_Page
Geometry optimization and energy calculation: GAMESS-US
http://www.msg.chem.iastate.edu/gamess/
Structure display: MacMolPlt
http://www.scl.ameslab.gov/MacMolPlt/

2010/09/09

第39回光化学討論会2日目。

光化学討論会2日目。空き時間の間に郵便局へ、その近くの松屋で昼食。

☆レガシーメディア
ニュース拡大鏡／防衛省、「Ｆ２」後継戦闘機の要素技術開発に数百億円（日刊工業新聞）
http://www.nikkan.co.jp/news/nkx0420100909bcaa.html

円高加速８３円台－東京市場、株一時９０００円割れ（日刊工業新聞）
http://www.nikkan.co.jp/news/nkx1220100909daac.html

金相場、内外で上昇－銅・アルミ相場は下落（日刊工業新聞）
http://www.nikkan.co.jp/news/nkx1220100909ddae.html

☆Weblog
第972回　粉飾（代表戸締役 ◆jJEom8Ii3Eの妄言）
http://blogs.yahoo.co.jp/daitojimari/61616835.html

BP、メキシコ湾原油流出事故の原因調査報告を発表（化学業界の話題）
http://knak.cocolog-nifty.com/blog/2010/09/bp-3336.html

☆論文・総説は本日もなし。

[GAMESS] tetraphene (テトラフェン)

GAMESS calculation results - kyoroski
http://www8.ocn.ne.jp/~ymakioka/

[GAMESS] GAMESSでかんたん(?)分子軌道計算…その1：インストールから計算実行まで。ただしMac版。
http://kyoroski.blogspot.com/2010/08/gamess-gamess1mac.html

DFT-geometrical optimization of tetraphene (テトラフェン) was performed at the B3LYP/6-31G(d) level. Then energy levels were calculated at the same level.

Content of the input file from here -----
! DFT, B3LYP/6-31G(d), optimization
$CONTRL DFTTYP=B3LYP SCFTYP=RHF RUNTYP=OPTIMIZE $END
$SYSTEM TIMLIM=600000 MEMORY=80000000 $END
$STATPT OPTTOL=0.0001 NSTEP=100 PROJCT=.FALSE. $END
$BASIS GBASIS=N31 NGAUSS=6 NDFUNC=1 $END
$GUESS GUESS=HUCKEL $END
$SCF DIRSCF =.TRUE. $END

$DATA

C1
C 6.0 -4.8277339492 4.7112585180 -0.0991158155
C 6.0 -6.0614588254 4.0580290669 -0.1110731955
C 6.0 -6.1106955647 2.6685738550 -0.0741086297
C 6.0 -4.9260592165 1.9319660222 -0.0271783364
C 6.0 -3.6782241715 2.5780262770 -0.0156377157
C 6.0 -3.6269650820 3.9826426168 -0.0501218228
H 1.0 -4.8099796449 5.7984243668 -0.1281085953
H 1.0 -6.9814284207 4.6352883682 -0.1486915687
H 1.0 -4.9834360165 0.8462479790 0.0009416697
H 1.0 -7.0690554976 2.1565011684 -0.0819664647
C 6.0 -2.3734062956 4.6235261034 -0.0337002406
C 6.0 -2.4772555494 1.8572947293 0.0293288364
C 6.0 -1.1442971480 3.9157885214 0.0158409704
C 6.0 -1.2279421812 2.5021752396 0.0438500966
H 1.0 -2.3685943525 5.7095836463 -0.0606735275
H 1.0 -2.5167747214 0.7694264597 0.0540980662
C 6.0 0.1531871346 4.5441507108 0.0392365817
C 6.0 -0.0608391996 1.7350170610 0.0871103265
C 6.0 1.1924458991 2.3403577964 0.1054412015
C 6.0 1.3153275975 3.7313569720 0.0838040977
H 1.0 -0.1129622321 0.6483572709 0.1072513524
H 1.0 2.0763541955 1.7070330688 0.1389417466
C 6.0 0.3623579269 5.9472097967 0.0228990343
C 6.0 2.5952770883 4.3116236219 0.1079189668
C 6.0 2.7583857738 5.6938409050 0.0911224782
C 6.0 1.6409731601 6.5128925600 0.0490206513
H 1.0 -0.4774332043 6.6349956439 -0.0088182484
H 1.0 1.7562719394 7.5934594220 0.0368242595
H 1.0 3.4834588297 3.6837987910 0.1415854184
H 1.0 3.7547731796 6.1266086819 0.1116630554
$END
to here -----

Results of geometrical optimization...
HOMO (-5.41 eV)。

LUMO (-1.17 eV)。

2010/09/08

第38回光化学討論会1日目。

5時半起き、電車で2時間、最初の講演前に無事到着。ラッシュを避けたかっただけ。
多くの講演で量子計算を扱ってました、さすが。

☆レガシーメディア
日立、ナノ粒子を均一に量産できる化学反応装置を開発（日刊工業新聞）
http://www.nikkan.co.jp/news/nkx0720100908eaac.html

山口東京理科大、高性能でフレキシブルな熱電変換材料の開発に成功（日刊工業新聞）
http://www.nikkan.co.jp/news/nkx0720100908eaah.html

ＪＳＴ、張るだけで「ナノ特性」与えられるシール開発（日刊工業新聞）
http://www.nikkan.co.jp/news/nkx0820100908aaao.html
http://www.nikkan.co.jp/news/nkx1020100908caai.html

湖池屋、カーボンオフセット付きポテトチップスの販路拡大（日刊工業新聞）

☆Weblog
第971回　欧州危機は終わらない。（代表戸締役 ◆jJEom8Ii3Eの妄言）
http://blogs.yahoo.co.jp/daitojimari/61609197.html

「レアアースため込む日本、中国に輸出制限緩和を要求」（化学業界の話題）
http://knak.cocolog-nifty.com/blog/2010/09/post-be3a.html

☆論文・総説は本日はなし。

[GAMESS] chrysene (クリセン)

GAMESS calculation results - kyoroski
http://www8.ocn.ne.jp/~ymakioka/

[GAMESS] GAMESSでかんたん(?)分子軌道計算…その1：インストールから計算実行まで。ただしMac版。
http://kyoroski.blogspot.com/2010/08/gamess-gamess1mac.html

DFT-geometrical optimization of chrysene (クリセン) was performed at the B3LYP/6-31G(d) level. Then energy levels were calculated at the same level.

Content of the input file from here -----
! DFT, B3LYP/6-31G(d), optimization
$CONTRL DFTTYP=B3LYP SCFTYP=RHF RUNTYP=OPTIMIZE $END
$SYSTEM TIMLIM=600000 MEMORY=80000000 $END
$STATPT OPTTOL=0.0001 NSTEP=100 PROJCT=.FALSE. $END
$BASIS GBASIS=N31 NGAUSS=6 NDFUNC=1 $END
$GUESS GUESS=HUCKEL $END
$SCF DIRSCF =.TRUE. $END

$DATA

C1
C 6.0 -1.2874286739 1.6881629178 0.0706856244
C 6.0 0.1009245393 1.5676684756 0.0272845006
C 6.0 -2.1457654368 0.5702936573 0.1214279371
C 6.0 0.7076174829 0.3161813119 0.0331835153
C 6.0 -0.0932456268 -0.8493524444 0.0820568533
C 6.0 -1.5330206921 -0.7170175712 0.1251948737
C 6.0 -3.5854315983 0.7027154913 0.1686722013
C 6.0 -4.3863008527 -0.4627987134 0.2169607850
C 6.0 -3.7798026185 -1.7143996422 0.2173702373
C 6.0 -2.3915084736 -1.8349363992 0.1729200593
H 1.0 -1.9964301950 -2.8464501431 0.1768783272
H 1.0 -4.3793403251 -2.6215978833 0.2531883567
C 6.0 2.1105436846 0.2311895283 -0.0091261101
C 6.0 0.6063697462 -2.0862214987 0.0857369485
C 6.0 2.0027830429 -2.1625083200 0.0440862665
C 6.0 2.7560342940 -1.0011976456 -0.0035358940
H 1.0 0.0706654399 -3.0301177046 0.1225891083
H 1.0 2.4934920972 -3.1321720673 0.0494674129
H 1.0 -1.6825920221 2.6996066283 0.0635124887
H 1.0 0.7003664019 2.4748327589 -0.0104693481
H 1.0 3.8407386502 -1.0509057174 -0.0359435631
H 1.0 2.7159150238 1.1346917297 -0.0465464481
C 6.0 -4.2847719064 1.9397446594 0.1718331027
C 6.0 -5.7890484930 -0.3776314786 0.2651620595
C 6.0 -6.4342487109 0.8549047218 0.2672833169
C 6.0 -5.6809085934 2.0162060475 0.2203858081
H 1.0 -3.7489652305 2.8836656441 0.1368473814
H 1.0 -6.1713885197 2.9860326042 0.2215456866
H 1.0 -6.3944632227 -1.2811323907 0.3023925544
H 1.0 -7.5187445278 0.9047761022 0.3055659316
$END
to here -----

Results of geometrical optimization...
HOMO (-5.41 eV)。

LUMO (-1.17 eV)。

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[GAMESS] I do not know how to run this node in parallel.

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