2011/01/14

[GAMESS] 1-oxacyclohex-2-ene (1-オキサシクロヘキス-2-エン)

GAMESS calculation results - kyoroski
http://www8.ocn.ne.jp/~ymakioka/

[GAMESS] GAMESSでかんたん(?)分子軌道計算…その1：インストールから計算実行まで。ただしMac版。
http://kyoroski.blogspot.com/2010/08/gamess-gamess1mac.html

DFT-geometrical optimization of 1-oxacyclohex-2-ene (1-オキサシクロヘキス-2-エン) was performed at the B3LYP/6-31G(d) level. Then energy levels were calculated at the same level.

Content of the input file from here -----
! DFT, B3LYP/6-31G(d), optimization
$CONTRL DFTTYP=B3LYP SCFTYP=RHF RUNTYP=OPTIMIZE $END
$SYSTEM TIMLIM=600000 MEMORY=80000000 $END
$STATPT OPTTOL=0.0001 NSTEP=100 PROJCT=.FALSE. $END
$BASIS GBASIS=N31 NGAUSS=6 NDFUNC=1 $END
$GUESS GUESS=HUCKEL $END
$SCF DIRSCF =.TRUE. $END

$DATA

C1
C 6.0 -1.5570331111 2.8583529158 -0.0368634823
O 8.0 -2.8680236578 2.5628218784 0.2284367254
C 6.0 -1.1025880914 4.0364194415 -0.4785849263
H 1.0 -0.9199035506 2.0099260316 0.1763914071
C 6.0 -3.8073769321 3.5247500060 -0.2698341510
C 6.0 -2.0104695774 5.2064661708 -0.6790935495
H 1.0 -0.0421969511 4.1686824976 -0.6726461580
C 6.0 -3.3638393296 4.9602063019 -0.0193901844
H 1.0 -3.2687702206 5.1239433771 1.0617665798
H 1.0 -4.1074370645 5.6693900882 -0.3974505120
H 1.0 -2.1376164459 5.3761616818 -1.7545344842
H 1.0 -1.5570035379 6.1095030522 -0.2561334540
H 1.0 -3.9601565945 3.3418823234 -1.3408782239
H 1.0 -4.7627447238 3.3382209401 0.2319253313
$END
to here -----

Results of geometrical optimization...
HOMO-1 (-x.xx eV):



HOMO (-x.xx eV):



LUMO (+x.xx eV):



Molecule modeling: Avogadro
http://avogadro.openmolecules.net/wiki/Main_Page
Geometry optimization and energy calculation: GAMESS-US
http://www.msg.chem.iastate.edu/gamess/
Structure display: MacMolPlt
http://www.scl.ameslab.gov/MacMolPlt/
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第113回 Web改造

Webのソースを分割し、再結合で簡単に更新できるCGIスクリプトを作成（自分でも何言ってるんだか不明）。Perl。

☆Done
Web内CGIスクリプト作成、TDDFT2ジョブ投入・14ジョブ解析、ゼミ（抄録会）、雑務。

☆レガシーメディア
電通大、学年横断型キャリア教育開始－１・３年生がタッグ（日刊工業新聞）
http://www.nikkan.co.jp/news/nkx0320110114ecac.html

産総研など、オープンイノベーションに基づく研究体制の転換促す（日刊工業新聞）
http://www.nikkan.co.jp/news/nkx1520110114aabb.html

大阪府大とダイキン、来年度にも脱レアアースモーターの実用化にめど（日刊工業新聞）
http://www.nikkan.co.jp/news/nkx0720110114eaaz.html

☆Weblog
第1081回　ホットマネーの激流（代表戸締役 ◆jJEom8Ii3Eの妄言）
http://blogs.yahoo.co.jp/daitojimari/62600825.html

それはリスクヘッジというのだよ、おじさん。（アマチュアサイエンティスト）
http://page-only-one.cocolog-nifty.com/imotora7/2011/01/post-9929.html

☆論文・総説
Surface-Enhanced Fluorescence with Shell-Isolated Nanoparticles (SHINEF)
http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/anie.201004806/abstract

Cross-coupling of Grignard reagents with alkyl halides or tosylates by the use of nickel or palladium containing perovskite
http://dx.doi.org/10.1016/j.tetlet.2010.12.011
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2011/01/13

[GAMESS] azacyclohexane (アザシクロヘキサン)

GAMESS calculation results - kyoroski
http://www8.ocn.ne.jp/~ymakioka/

[GAMESS] GAMESSでかんたん(?)分子軌道計算…その1：インストールから計算実行まで。ただしMac版。
http://kyoroski.blogspot.com/2010/08/gamess-gamess1mac.html

DFT-geometrical optimization of azacyclohexane (アザシクロヘキサン) was performed at the B3LYP/6-31G(d) level. Then energy levels were calculated at the same level.

Content of the input file from here -----
! DFT, B3LYP/6-31G(d), optimization
$CONTRL DFTTYP=B3LYP SCFTYP=RHF RUNTYP=OPTIMIZE $END
$SYSTEM TIMLIM=600000 MEMORY=80000000 $END
$STATPT OPTTOL=0.0001 NSTEP=100 PROJCT=.FALSE. $END
$BASIS GBASIS=N31 NGAUSS=6 NDFUNC=1 $END
$GUESS GUESS=HUCKEL $END
$SCF DIRSCF =.TRUE. $END

$DATA

C1
N 7.0 -0.8933560077 2.4757775310 -2.5900027280
C 6.0 -2.3135674857 2.7996315392 -2.5723153564
C 6.0 -0.5887843940 1.2350857080 -1.8725754849
H 1.0 -0.3476773716 3.2418850693 -2.1989726404
C 6.0 -1.7695645401 0.2665758319 -1.7465236036
H 1.0 -0.2211934860 1.4715846868 -0.8669668053
H 1.0 0.2347551401 0.7395026129 -2.3989266856
C 6.0 -2.6472049402 0.3010687934 -2.9901540744
H 1.0 -2.3748976344 0.5360461770 -0.8715802304
H 1.0 -1.3986738150 -0.7499361634 -1.5735833137
C 6.0 -3.1240868419 1.7233571332 -3.2973472268
H 1.0 -2.4749378968 3.7627165262 -3.0692986394
H 1.0 -2.6642695623 2.9187184253 -1.5397026743
H 1.0 -3.0775994457 1.8843169265 -4.3816570645
H 1.0 -4.1786604986 1.8270534844 -3.0148878270
H 1.0 -3.5079650101 -0.3663570614 -2.8708793100
H 1.0 -2.0736077643 -0.0792266758 -3.8449049919
$END

to here -----

Results of geometrical optimization...
HOMO (-5.58 eV):

azacyclohexane_homo.png

LUMO (+2.21 eV):

azacyclohexane_lumo.png

Molecule modeling: Avogadro
http://avogadro.openmolecules.net/wiki/Main_Page
Geometry optimization and energy calculation: GAMESS-US
http://www.msg.chem.iastate.edu/gamess/
Structure display: MacMolPlt
http://www.scl.ameslab.gov/MacMolPlt/
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第112回 TDDFT計算ラッシュ

1ヶ月近く走らせていたDFT構造最適化がdone。TDDFT計算のラッシュが始まる。

☆Done
TDDFT計算1ジョブ投入・14ジョブ解析、講演会、学会予稿チェック、論文作成、雑務

☆レガシーメディア
関ペ、尼崎の塗料生産停止（日刊工業新聞）
http://www.nikkan.co.jp/news/nkx0820110113cbaj.html

東大・理研など、紫外領域のレーザー開発（日刊工業新聞）
http://www.nikkan.co.jp/news/nkx0720110113eaat.html

☆Weblog
第1080回　資源高騰（代表戸締役 ◆jJEom8Ii3Eの妄言）
http://blogs.yahoo.co.jp/daitojimari/62593303.html

チッソ、「事業再編計画」に基づく、新会社「JNC株式会社」を設立（化学業界の話題）
http://knak.cocolog-nifty.com/blog/2011/01/jnc-b6d9.html

Conformers of Alanine (Computational Organic Chemistry)
http://comporgchem.com/blog/?p=1278

「有機EL照明シンポジウム」のお知らせ（大学教授のぶっちゃけ話）
http://junjikido.cocolog-nifty.com/blog/2011/01/el-9343.html

☆論文・総説
A Liquid-Crystalline Co-Polysiloxane with Asymmetric Bent Side Chains
http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/macp.201000356/abstract

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2011/01/12

[GAMESS] azacyclobutane (アザシクロブタン)

GAMESS calculation results - kyoroski
http://www8.ocn.ne.jp/~ymakioka/

[GAMESS] GAMESSでかんたん(?)分子軌道計算…その1：インストールから計算実行まで。ただしMac版。
http://kyoroski.blogspot.com/2010/08/gamess-gamess1mac.html

DFT-geometrical optimization of azacyclobutane (アザシクロブタン) was performed at the B3LYP/6-31G(d) level. Then energy levels were calculated at the same level.

Content of the input file from here -----
! DFT, B3LYP/6-31G(d), optimization
$CONTRL DFTTYP=B3LYP SCFTYP=RHF RUNTYP=OPTIMIZE $END
$SYSTEM TIMLIM=600000 MEMORY=80000000 $END
$STATPT OPTTOL=0.0001 NSTEP=100 PROJCT=.FALSE. $END
$BASIS GBASIS=N31 NGAUSS=6 NDFUNC=1 $END
$GUESS GUESS=HUCKEL $END
$SCF DIRSCF =.TRUE. $END

$DATA

C1
N 7.0 -0.8744705985 2.4035470333 -2.6574713886
C 6.0 -2.2234795001 1.8686462948 -2.8744276072
C 6.0 -0.6978065006 1.5573465339 -1.4718288081
H 1.0 -0.8493936196 3.4083381810 -2.4617404536
C 6.0 -1.9140327288 0.7314746595 -1.8977985983
H 1.0 -1.6683429993 -0.2217901595 -2.3766192684
H 1.0 -2.6643298199 0.5656891373 -1.1184602582
H 1.0 -2.4180638548 1.5519415118 -3.9045236873
H 1.0 -3.0280581391 2.5369748460 -2.5504298388
H 1.0 -0.8207200011 2.0865874859 -0.5211550056
H 1.0 0.2491838892 1.0077137609 -1.4524396011
$END

to here -----

Results of geometrical optimization...
HOMO (-5.85 eV):

azacyclobutane_homo.png

LUMO (+2.34 eV):

azacyclobutane_lumo.png

Molecule modeling: Avogadro
http://avogadro.openmolecules.net/wiki/Main_Page
Geometry optimization and energy calculation: GAMESS-US
http://www.msg.chem.iastate.edu/gamess/
Structure display: MacMolPlt
http://www.scl.ameslab.gov/MacMolPlt/
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第111回 歩き回る

朝からポストに自販機にポストに歩きまわる。
朝に寒さを感じないのが昔から不思議ではある。

☆Done
論文書き、雑務。

☆レガシーメディア
環境省、「カーボンニュートラル」の基準制定へ（日刊工業新聞）
http://www.nikkan.co.jp/news/nkx0520110112caaf.html

理研、ナノサイズの金２重ストローの大量作製に成功（日刊工業新聞）
http://www.nikkan.co.jp/news/nkx0720110112eaab.html

☆Weblog
第1079回　ポジショントーク（代表戸締役 ◆jJEom8Ii3Eの妄言）
http://blogs.yahoo.co.jp/daitojimari/62585979.html

蛋白質の「蛋」って何？―川本幸民と化学新書（気ままに有機化学）
http://chemistry4410.seesaa.net/article/180223675.html

pKa（企業の研究員の日常）
http://researcher-station.blogspot.com/2011/01/pka.html

世界一のリアルな地球儀（大学教授のぶっちゃけ話）
http://junjikido.cocolog-nifty.com/blog/2011/01/post-3be4.html

☆論文・総説
An Organometallic Future in Green and Energy Chemistry?
http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/om1009439

Future Trends in Organometallic Chemistry: Organometallic Approaches to Water Splitting
http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/om100910d

Looking Ahead: Challenges and Opportunities in Organometallic Chemistry
http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/om100919r
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2011/01/11

[GAMESS] azacyclopentane (アザシクロペンタン)

GAMESS calculation results - kyoroski
http://www8.ocn.ne.jp/~ymakioka/

[GAMESS] GAMESSでかんたん(?)分子軌道計算…その1：インストールから計算実行まで。ただしMac版。
http://kyoroski.blogspot.com/2010/08/gamess-gamess1mac.html

DFT-geometrical optimization of xx was performed at the B3LYP/6-31G(d) level. Then energy levels were calculated at the same level.

Content of the input file from here -----
! DFT, B3LYP/6-31G(d), optimization
$CONTRL DFTTYP=B3LYP SCFTYP=RHF RUNTYP=OPTIMIZE $END
$SYSTEM TIMLIM=600000 MEMORY=80000000 $END
$STATPT OPTTOL=0.0001 NSTEP=100 PROJCT=.FALSE. $END
$BASIS GBASIS=N31 NGAUSS=6 NDFUNC=1 $END
$GUESS GUESS=HUCKEL $END
$SCF DIRSCF =.TRUE. $END

$DATA

C1
N 7.0 -0.7978934348 2.5077185157 -2.6179699092
C 6.0 -2.2208834476 2.8339504043 -2.6207995106
C 6.0 -0.6874935451 1.2862383534 -1.8245089266
H 1.0 -0.2534165006 3.2605505096 -2.2010997335
C 6.0 -1.9328117204 0.4858389191 -2.1761570284
H 1.0 -0.6815452741 1.5287558293 -0.7551011015
H 1.0 0.2304503962 0.7389371944 -2.0559486493
C 6.0 -2.8809754320 1.4841696792 -2.8279513533
H 1.0 -2.4741113368 3.5423977949 -3.4136313807
H 1.0 -2.5166644788 3.2670820113 -1.6575192200
H 1.0 -2.9705653934 1.2622502782 -3.8986127580
H 1.0 -3.8835822634 1.4446933044 -2.3918519324
H 1.0 -2.3778953051 0.0417037542 -1.2794533526
H 1.0 -1.7012810105 -0.3258135091 -2.8747786654
$END

to here -----

Results of geometrical optimization...
HOMO (-5.74 eV):

azacyclopentane_homo.png

LUMO (+2.31 eV):

azacyclopentane_lumo.png

Molecule modeling: Avogadro
http://avogadro.openmolecules.net/wiki/Main_Page
Geometry optimization and energy calculation: GAMESS-US
http://www.msg.chem.iastate.edu/gamess/
Structure display: MacMolPlt
http://www.scl.ameslab.gov/MacMolPlt/
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