2011/02/10

第133回 コンフォマーとの戦いは続く

最適化と振動解析の連続。基質と生成物の計算が終わるのはいつになることやら。中間体も遷移状態も計算するとなると気が遠くなるw

☆Done
DFT計算8ジョブ投入・9ジョブ解析、論文書き、雑務。

☆レガシーメディア
環境省、小型電機電子機器のリサイクル制度創設検討(化学工業日報)
http://www.chemicaldaily.co.jp/news/201102/10/04101_4138.html

三菱化学、ノンホスゲンDPCプロセス完成急ぐ(化学工業日報)
http://www.chemicaldaily.co.jp/news/201102/10/01201_2123.html

東北大、従来比10倍超の大容量データ送れる光通信技術を開発(日刊工業新聞)
http://www.nikkan.co.jp/news/nkx0720110210aaao.html

物材機構、20倍の感度持つカンチレバーを並べた高感度センサー開発(日刊工業新聞)
http://www.nikkan.co.jp/news/nkx0720110210eaab.html

☆Weblog
第1104回 GSE問題(代表戸締役 ◆jJEom8Ii3Eの妄言)
http://blogs.yahoo.co.jp/daitojimari/62786475.html

Chemistry reference resolver の Opensearch プラグイン作った(徒然なる記録 - Chaotic Shore)
http://www.chaoticshore.org/blog/2011/02/09-213706.html

☆論文・総説
Gallium (III)-catalysed bromocyanation of alkynes: regio- and stereoselective synthesis of β-bromo-α,β-unsaturated nitriles
http://pubs.rsc.org/en/Content/ArticleLanding/2011/CC/C0CC04385K

Visible-light sensitisation of Tb(III) luminescence using a blue-emitting Ir(III) complex as energy-donor
http://pubs.rsc.org/en/Content/ArticleLanding/2011/CC/C0CC04562D

2-Iodoxybenzoic Acid—A Simple Oxidant with a Dazzling Array of Potential Applications
http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/anie.201000873/abstract

2011/02/09

[GAMESS] boracyclohexane (ボラシクロヘキサン)

GAMESS calculation results - kyoroski
http://www8.ocn.ne.jp/~ymakioka/

[GAMESS] GAMESSでかんたん(?)分子軌道計算…その1:インストールから計算実行まで。ただしMac版。
http://kyoroski.blogspot.com/2010/08/gamess-gamess1mac.html

DFT-geometrical optimization of boracyclohexane (ボラシクロヘキサン) was performed at the B3LYP/6-31G(d) level. Then energy levels were calculated at the same level.

Content of the input file from here -----
! DFT, B3LYP/6-31G(d), optimization
$CONTRL DFTTYP=B3LYP SCFTYP=RHF RUNTYP=OPTIMIZE $END
$SYSTEM TIMLIM=600000 MEMORY=80000000 $END
$STATPT OPTTOL=0.0001 NSTEP=100 PROJCT=.FALSE. $END
$BASIS GBASIS=N31 NGAUSS=6 NDFUNC=1 $END
$GUESS GUESS=HUCKEL $END
$SCF DIRSCF =.TRUE. $END

$DATA

C1
C 6.0 -9.7984567647 4.5000416652 1.3799219711
C 6.0 -7.5471563365 4.6132034830 2.5185952332
C 6.0 -9.3327921667 3.2864785460 0.5799094291
B 5.0 -7.0814812077 3.3997427364 1.7184232947
C 6.0 -7.8187590722 3.2868431327 0.3867779464
H 1.0 -7.5342425225 4.1266242908 -0.2593805265
H 1.0 -7.5122155723 2.3695120207 -0.1281230784
H 1.0 -9.8293797400 3.2756598442 -0.3967538714
H 1.0 -9.6331704323 2.3692494938 1.1016060914
C 6.0 -9.0612153139 4.6130359082 2.7115816478
H 1.0 -9.3458794975 3.7733816931 3.3578367243
H 1.0 -9.3676862856 5.5304740135 3.2263397530
H 1.0 -9.6295620558 5.4106450762 0.7917234573
H 1.0 -10.8771077016 4.4315650376 1.5599578783
H 1.0 -7.0506813062 4.6237906470 3.4953215883
H 1.0 -7.2466016128 5.5304895085 1.9971060974
H 1.0 -6.3042393523 2.6886586570 2.0618159711
$END
to here -----

Results of geometrical optimization...
HOMO (-7.37 eV):

boracyclohexane_homo.png

LUMO (-0.41 eV):

boracyclohexane_lumo.png

Molecule modeling: Avogadro
http://avogadro.openmolecules.net/wiki/Main_Page
Geometry optimization and energy calculation: GAMESS-US
http://www.msg.chem.iastate.edu/gamess/
Structure display: MacMolPlt
http://www.scl.ameslab.gov/MacMolPlt/

第132回 幾何異性体にハマる

幾何異性体の構造最適化。片方は振動解析を一発でパス。もう片方は立体反発のため分子の対称性が崩れ、コンフォマーの候補多数。シラミつぶしであたってみるが未だヒットせず。
自宅のラップトップを遠隔操作して計算に参加させる。
ありがとうMobileMe。

☆Done
DFT計算6ジョブ投入・6ジョブ解析、論文書き、雑務。

☆レガシーメディア
名大、アルツハイマー原因たんぱく質が神経細胞内で輸送される仕組みの一部(日刊工業新聞)
http://www.nikkan.co.jp/news/nkx1420110209eaah.html

旭硝子、開発力を強化-技術者4000人のDB作成(日刊工業新聞)
http://www.nikkan.co.jp/news/nkx0820110209bbai.html

☆Weblog
第1103回 三重苦(代表戸締役 ◆jJEom8Ii3Eの妄言)
http://blogs.yahoo.co.jp/daitojimari/62779357.html

BASF、生分解性樹脂 Ecoflex の大幅増設(化学業界の話題)
http://knak.cocolog-nifty.com/blog/2011/02/basf-ecoflex-d8.html

Organocatalytic Claisen Rearrangements (Computational Organic Chemistry)
http://comporgchem.com/blog/?p=1341

ChemPort 更新情報(気ままに有機化学)
http://chemistry4410.seesaa.net/article/184974489.html

☆論文・総説
Positive-/Negative-, Erasable-/Immobilized-, Mono-/Multi-Color Fluorescence Image Patterning of Molecular-Scale Porous Polymer Film via a Microcontact Printing Method Using Various Chemical Inks
http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/marc.201000623/abstract

Soluble high-Tg polyetherimides with good flame retardancy based on an asymmetric phosphinated etherdiamine
http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/pola.24552/abstract

2011/02/08

[GAMESS] cycloheptane (シクロヘプタン)

GAMESS calculation results - kyoroski
http://www8.ocn.ne.jp/~ymakioka/

[GAMESS] GAMESSでかんたん(?)分子軌道計算…その1:インストールから計算実行まで。ただしMac版。
http://kyoroski.blogspot.com/2010/08/gamess-gamess1mac.html

DFT-geometrical optimization of cycloheptane (シクロヘプタン) was performed at the B3LYP/6-31G(d) level. Then energy levels were calculated at the same level.

Content of the input file from here -----
! DFT, B3LYP/6-31G(d), optimization
$CONTRL DFTTYP=B3LYP SCFTYP=RHF RUNTYP=OPTIMIZE $END
$SYSTEM TIMLIM=600000 MEMORY=80000000 $END
$STATPT OPTTOL=0.0001 NSTEP=100 PROJCT=.FALSE. $END
$BASIS GBASIS=N31 NGAUSS=6 NDFUNC=1 $END
$GUESS GUESS=HUCKEL $END
$SCF DIRSCF =.TRUE. $END

$DATA

C1
C 6.0 -9.2498018755 4.2679872161 1.3556057068
C 6.0 -6.6499469221 4.8089970542 3.4166166738
C 6.0 -7.9826113972 3.7579836667 0.6754003537
C 6.0 -9.1075811941 4.8318709438 2.7663385268
C 6.0 -7.0044320806 3.0258665166 1.5887336339
C 6.0 -7.8507523948 5.6614143183 3.0096506857
H 1.0 -7.6137591234 6.2877552001 2.1426245811
H 1.0 -8.0591613871 6.3468443074 3.8413292189
H 1.0 -9.1617547146 4.0136270381 3.4949237753
H 1.0 -9.9867858459 5.4594604012 2.9613900038
C 6.0 -6.0375511897 3.9724116206 2.2983117012
H 1.0 -5.2258011970 3.3741605432 2.7317149034
H 1.0 -5.5657477361 4.6365242140 1.5639845929
H 1.0 -6.4016412455 2.3552776010 0.9627381633
H 1.0 -7.5318668791 2.3892335502 2.3075986964
H 1.0 -6.9287599223 4.1531885111 4.2503045045
H 1.0 -5.8692635550 5.4763675300 3.8037243534
H 1.0 -8.2904209698 3.0770722218 -0.1286671438
H 1.0 -7.4740737846 4.5922662979 0.1766461690
H 1.0 -9.6928159214 5.0360490398 0.7085193951
H 1.0 -9.9860120012 3.4545717273 1.3915627066
$END
to here -----

Results of geometrical optimization...
two HOMOs (-8.00 eV):

cycloheptane_homo1.png
cycloheptane_homo2.png

LUMO (+2.26 eV):

cycloheptane_lumo.png

Molecule modeling: Avogadro
http://avogadro.openmolecules.net/wiki/Main_Page
Geometry optimization and energy calculation: GAMESS-US
http://www.msg.chem.iastate.edu/gamess/
Structure display: MacMolPlt
http://www.scl.ameslab.gov/MacMolPlt/

第131回 文献調査デー

論文のストーリーの変更を余儀なくされる可能性のある文献を見つけ、終日チェック。
多分変更なしでいけるでしょう。

☆Done
TDDFT計算7ジョブ投入、6ジョブ解析、文献調査、論文書き、雑務。

☆レガシーメディア
北陸先端大とJSR、アモルファス太陽電池セルを液体シリコンで試作(日刊工業新聞)
http://www.nikkan.co.jp/news/nkx0720110208eaal.html

伊藤忠、ウズベキスタンからウラン精鉱を大量調達(日刊工業新聞)
http://www.nikkan.co.jp/news/nkx0820110208abbk.html

☆Weblog
第1002回 困惑(代表戸締役 ◆jJEom8Ii3Eの妄言)
http://blogs.yahoo.co.jp/daitojimari/62772363.html

☆論文・総説
Combined Experimental and Computational Study of Intramolecular Charge Transfer In p-N,N-Dimethylamino-p′-cyano-diphenylacetylene
http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/jp109674t

Orbital Signatures as a Descriptor of Regioselectivity and Chemical Reactivity: The Role of the Frontier Orbitals on 1,3-Dipolar Cycloadditions
http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/jp108790w

Ab Initio Study of the F + CH3NHNH2 Reaction Mechanism
http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/jp106401rhttp://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/jp106401r

C–F Bond Activation of Highly Fluorinated Molecules at Rhodium: From Model Reactions to Catalysis
http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/ejic.201001184/abstract

2011/02/07

[GAMESS] boracyclopentane (ボラシクロペンタン)

GAMESS calculation results - kyoroski
http://www8.ocn.ne.jp/~ymakioka/

[GAMESS] GAMESSでかんたん(?)分子軌道計算…その1:インストールから計算実行まで。ただしMac版。
http://kyoroski.blogspot.com/2010/08/gamess-gamess1mac.html

DFT-geometrical optimization of boracyclopentane (ボラシクロペンタン) was performed at the B3LYP/6-31G(d) level. Then energy levels were calculated at the same level.

Content of the input file from here -----
! DFT, B3LYP/6-31G(d), optimization
$CONTRL DFTTYP=B3LYP SCFTYP=RHF RUNTYP=OPTIMIZE $END
$SYSTEM TIMLIM=600000 MEMORY=80000000 $END
$STATPT OPTTOL=0.0001 NSTEP=100 PROJCT=.FALSE. $END
$BASIS GBASIS=N31 NGAUSS=6 NDFUNC=1 $END
$GUESS GUESS=HUCKEL $END
$SCF DIRSCF =.TRUE. $END
$DATA

C1
C 6.0 -9.8899261716 4.4837094464 1.3768058230
B 5.0 -7.6155095130 4.3136460317 2.1395736763
C 6.0 -9.2513587002 3.3313030060 0.6207269281
C 6.0 -7.7556741424 3.5322124533 0.8325333728
H 1.0 -9.5233790096 3.3247422561 -0.4391064171
H 1.0 -9.5647378492 2.3757506711 1.0568360314
C 6.0 -9.0349405561 4.5796681081 2.6290194466
H 1.0 -9.3317486235 3.8053508106 3.3459400589
H 1.0 -9.1278606422 5.5507404446 3.1247433045
H 1.0 -9.8186708048 5.4089220563 0.7941404858
H 1.0 -10.9438924646 4.2993558003 1.6051811447
H 1.0 -7.3292800235 4.1133889301 0.0068818205
H 1.0 -7.2244034788 2.5756603298 0.8689730845
H 1.0 -6.6725698029 4.6239786978 2.6317345641
$END
to here -----

Results of geometrical optimization...
HOMO (-7.78 eV):

boracyclopentane_homo.png

LUMO (-0.46 eV):

boracyclopentane_lumo.png

Molecule modeling: Avogadro
http://avogadro.openmolecules.net/wiki/Main_Page
Geometry optimization and energy calculation: GAMESS-US
http://www.msg.chem.iastate.edu/gamess/
Structure display: MacMolPlt
http://www.scl.ameslab.gov/MacMolPlt/

第130回 振動解析

振動解析で負の振動数が出た。振り出しに戻る(泣

☆Done
DFT計算16ジョブ投入・3ジョブ解析、論文書き、雑務。

☆レガシーメディア
物材機構と筑波大、ナノシリコンワイヤの不純物の変化を非接触で検出(日刊工業新聞)
http://www.nikkan.co.jp/news/nkx0720110207eaae.html

京大など、レールに沿って動く分子機械をAFMで観察(日刊工業新聞)
http://www.nikkan.co.jp/news/nkx0720110207eaaj.html

新たなモノ語り/東京大学大学院経済学研究科・藤本隆宏教授(日刊工業新聞)
http://www.nikkan.co.jp/news/nkx1520110207bbaj.html

☆Weblog
第1101回 今週の予定(代表戸締役 ◆jJEom8Ii3Eの妄言)
http://blogs.yahoo.co.jp/daitojimari/62765055.html

活動停止中(大学教授のぶっちゃけ話)
http://junjikido.cocolog-nifty.com/blog/2011/02/post-9538.html

☆論文・総説
Borane-substituted imidazol-2-ylidenes: syntheses in vacuo
http://pubs.rsc.org/en/Content/ArticleLanding/2011/DT/C0DT01240H

CCl3+ and CBr3+ salts with the [Al(ORF)4]− and [(FRO)3Al–F–Al(ORF)3]− anions (RF = C(CF3)3)
http://pubs.rsc.org/en/Content/ArticleLanding/2011/DT/C0DT01076F

Vanadium and molybdenum peroxides: synthesis and catalytic activity in oxidation reactions
http://pubs.rsc.org/en/Content/ArticleLanding/2011/DT/C0DT00706D