2011/03/04

第148回 遷移状態耐えている

遷移状態探索、結合長がだんだん長くなってきているが、なんとか耐えている模様。いつブレイクするかわからないが、収束を判断する数値はもうあと一歩(0.0002、0.0001未満で探索終了)まできている。
ベンチワーク。サンプル一つ作成、評価。もしやと思っていた嫌な可能性はつぶせた。よかった。

☆Done
DFT計算1ジョブ投入、論文書き、サンプル調製、雑務。

☆レガシーメディア
富士通、大日印と連携し電子書籍に参入(日刊工業新聞)
http://www.nikkan.co.jp/news/nkx0320110304agbe.html

長岡技科大、原子力技術者を養成-修士課程、12年度にも開設(日刊工業新聞)
http://www.nikkan.co.jp/news/nkx0720110304ecab.html

☆Weblog
第1123回 インフレ懸念と格付け否定(代表戸締役 ◆jJEom8Ii3Eの妄言)
http://blogs.yahoo.co.jp/daitojimari/62931142.html

スクアレンが世界を救う?(有機化学美術館・分館)
http://blog.livedoor.jp/route408/archives/51755962.html

そりゃ、確かに砂上の楼閣。(アマチュアサイエンティスト)
http://page-only-one.cocolog-nifty.com/imotora7/2011/03/post-0fcb.html

☆論文・総説
Novel C–H functionalization of arenes: palladium-catalyzed synthesis of diaryl sulfides (Chem. Commun.)
http://pubs.rsc.org/en/Content/ArticleLanding/2011/CC/C0CC04405A

Direct C–H carboxylation with complexes of the coinage metals (Chem. Commun.)
http://pubs.rsc.org/en/Content/ArticleLanding/2011/CC/C0CC03890C

Construction of Amphiphilic Polyoxometalate Mesostructures as a Highly Efficient Desulfurization Catalyst (Adv. Mater.)
http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/adma.201003520/abstract

2011/03/03

[GAMESS] p-chloroanisole (p-クロロアニソール)

GAMESS calculation results - kyoroski
http://www8.ocn.ne.jp/~ymakioka/

[GAMESS] GAMESSでかんたん(?)分子軌道計算…その1:インストールから計算実行まで。ただしMac版。
http://kyoroski.blogspot.com/2010/08/gamess-gamess1mac.html

DFT-geometrical optimization of p-chloroanisole (p-クロロアニソール) was performed at the B3LYP/6-31G(d) level. Then energy levels were calculated at the same level.

Content of the input file from here -----
! DFT, B3LYP/6-31G(d), optimization
$CONTRL DFTTYP=B3LYP SCFTYP=RHF RUNTYP=OPTIMIZE $END
$SYSTEM TIMLIM=600000 MEMORY=80000000 $END
$STATPT OPTTOL=0.0001 NSTEP=100 PROJCT=.FALSE. $END
$BASIS GBASIS=N31 NGAUSS=6 NDFUNC=1 $END
$GUESS GUESS=HUCKEL $END
$SCF DIRSCF =.TRUE. $END

$DATA

C1
C 6.0 -1.5269798843 4.1547150864 0.0087444262
C 6.0 -2.6457681931 3.3218350562 -0.0491747779
C 6.0 -2.4861211640 1.9310110944 -0.0536479693
C 6.0 -1.2097838348 1.3757279459 -0.0001647879
C 6.0 -0.0884077687 2.1981230060 0.0581565197
C 6.0 -0.2504536932 3.5850552390 0.0625674457
O 8.0 -1.5414472877 5.5219454521 0.0194155754
H 1.0 -3.6543202055 3.7192352970 -0.0915271163
H 1.0 -3.3625600190 1.2895245158 -0.0990017559
C 6.0 -2.8143356544 6.1531176044 -0.0407605351
Cl 17.0 -1.0193082924 -0.3339601282 -0.0062316252
H 1.0 -2.6518017484 7.2352494617 -0.0268755982
H 1.0 -3.4236462174 5.8966574452 0.8321389056
H 1.0 -3.3336879532 5.9063542365 -0.9726480692
H 1.0 0.6244487119 4.2294778263 0.1080691465
H 1.0 0.9100039300 1.7714863567 0.1001471532
$END
to here -----

Results of geometrical optimization...
HOMO (-5.90 eV):

p-chloroanisole_homo.png

LUMO (-0.24 eV):

p-chloroanisole_lumo.png

Molecule modeling: Avogadro
http://avogadro.openmolecules.net/wiki/Main_Page
Geometry optimization and energy calculation: GAMESS-US
http://www.msg.chem.iastate.edu/gamess/
Structure display: MacMolPlt
http://www.scl.ameslab.gov/MacMolPlt/

第147回 カチオン中間体振動解析をパス

基本構造のもの。これも置換基をくっつけて構造最適化、振動解析の繰り返し。先が見えてきた。

☆Done
DFT1ジョブ投入・1ジョブ解析、論文書き、データバックアップ(学生さんが残したもの)、雑務。

☆レガシーメディア
茨城大、中小に教授派遣-塑性加工の課題解決支援(日刊工業新聞)
http://www.nikkan.co.jp/news/nkx0620110303bbaa.html

慶大と東電、人工知能技術応用し「暗黙知」で施設管理-熟練ノウハウ伝授(日刊工業新聞)
http://www.nikkan.co.jp/news/nkx0720110303aaag.html

東大と日本電子、軽元素観察の顕微鏡法の結像原理を解明(日刊工業新聞)
http://www.nikkan.co.jp/news/nkx0720110303eaao.html

JAXAと東工大、浜松の砂丘で月探査ロボ実証(日刊工業新聞)
http://www.nikkan.co.jp/news/nkx0720110303eaax.html

☆Weblog
第1122回 継続するPIIGS危機(代表戸締役 ◆jJEom8Ii3Eの妄言)
http://blogs.yahoo.co.jp/daitojimari/62925497.html

助ける人.見捨てる人.(教授ゴルギアス)
http://gorgias.blog.shinobi.jp/Entry/704/

☆論文・総説
Hammett Analysis of a Family of Carbene−Carbene Complex Equilibria (Org. Lett.)
http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/ol200083a

A convenient pathway to Sm(II)-mediated chemistry in acetonitrile (Org. Biomol. Chem.)
http://pubs.rsc.org/en/Content/ArticleLanding/2011/OB/C0OB01229G

Polyhedral Phenylsilsesquioxanes (Macromolecules)
http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/ma102360t

2011/03/02

[GAMESS] 1-oxo-1-phosphacyclooct-2-ene (1-オキソ-1-ホスファシクロオクト-2-エン)

GAMESS calculation results - kyoroski
http://www8.ocn.ne.jp/~ymakioka/

[GAMESS] GAMESSでかんたん(?)分子軌道計算…その1:インストールから計算実行まで。ただしMac版。
http://kyoroski.blogspot.com/2010/08/gamess-gamess1mac.html

DFT-geometrical optimization of 1-oxo-1-phosphacyclooct-2-ene (1-オキソ-1-ホスファシクロオクト-2-エン) was performed at the B3LYP/6-31G(d) level. Then energy levels were calculated at the same level.

Content of the input file from here -----
! DFT, B3LYP/6-31G(d), optimization
$CONTRL DFTTYP=B3LYP SCFTYP=RHF RUNTYP=OPTIMIZE $END
$SYSTEM TIMLIM=600000 MEMORY=80000000 $END
$STATPT OPTTOL=0.0001 NSTEP=100 PROJCT=.FALSE. $END
$BASIS GBASIS=N31 NGAUSS=6 NDFUNC=1 $END
$GUESS GUESS=HUCKEL $END
$SCF DIRSCF =.TRUE. $END

$DATA

C1
C 6.0 -4.7774436819 -0.6233342760 -0.7161756880
P 15.0 -5.4277181141 2.0818269210 -1.1877188340
C 6.0 -4.6800040341 0.6824429362 -0.4266571376
H 1.0 -4.0106140917 0.9493756197 0.3886587844
O 8.0 -4.8674709951 3.4328462968 -0.7974167527
C 6.0 -7.1125663958 1.9966515278 -0.5008422069
H 1.0 -5.4558723330 1.8333470022 -2.5732310801
C 6.0 -5.5818971195 -1.3544511047 -1.7505067835
H 1.0 -4.1663018936 -1.2919660758 -0.1056249866
C 6.0 -6.7784435637 -0.6655519252 -2.4035703861
H 1.0 -4.8921334577 -1.6784188693 -2.5398648225
H 1.0 -5.9493914025 -2.2764290896 -1.2795645787
C 6.0 -8.1265204037 1.2354191808 -1.3419789410
H 1.0 -7.0799356046 1.6069613465 0.5228484151
H 1.0 -7.4622565387 3.0334685404 -0.4244600448
C 6.0 -7.8816744898 -0.2699915788 -1.4176436326
H 1.0 -8.8152937528 -0.7302729515 -1.7674390876
H 1.0 -7.7030651647 -0.6795841204 -0.4165582402
H 1.0 -8.1646822667 1.6609427894 -2.3517216138
H 1.0 -9.1163948816 1.3953547319 -0.8966876740
H 1.0 -7.2096638111 -1.3872442581 -3.1110894510
H 1.0 -6.4567433499 0.1741027854 -3.0244331343
$END
to here -----

Results of geometrical optimization...
HOMO-2 (-7.32 eV):

1-oxo-1-phosphacyclooct-2-ene_homo-2.png

HOMO-1 (-6.86 eV):

1-oxo-1-phosphacyclooct-2-ene_homo-1.png

HOMO (-6.72 eV):

1-oxo-1-phosphacyclooct-2-ene_homo.png

LUMO (-0.38 eV):

1-oxo-1-phosphacyclooct-2-ene_lumo.png

Molecule modeling: Avogadro
http://avogadro.openmolecules.net/wiki/Main_Page
Geometry optimization and energy calculation: GAMESS-US
http://www.msg.chem.iastate.edu/gamess/
Structure display: MacMolPlt
http://www.scl.ameslab.gov/MacMolPlt/

第146回 遷移状態探索のヒントが…

遷移状態探索、鍵となる中心原子の構造を無理矢理にいじると遷移状態探索のヒントとなる兆候が…うまいこといきますように。

☆Done
DFT計算2ジョブ解析、論文書き、雑務。

☆レガシーメディア
工作・鍛圧機械11社、1月は68%増の801億円-本社調べ(日刊工業新聞)
http://www.nikkan.co.jp/news/nkx0120110302bcbh.html

経産省、「ノンフロン」開発を支援へ-冷媒漏えい防止対策でも民間と協力(日刊工業新聞)
http://www.nikkan.co.jp/news/nkx0820110302aaav.html

東大とCOCN、「シルバーニューディール」で最終提言(日刊工業新聞)
http://www.nikkan.co.jp/news/nkx1520110302abat.html

☆Weblog
第1121回 金融犯罪(代表戸締役 ◆jJEom8Ii3Eの妄言)
http://blogs.yahoo.co.jp/daitojimari/62919631.html

「理系白書」シンポジウム(科学が変わる、化学が変える。)
http://d.hatena.ne.jp/TodaiGCOE/20110301/1298974152

Non-nuclear attractor in the electron density (Computational Organic Chemistry)
http://comporgchem.com/blog/?p=1370

☆論文・総説
Controlled self-assembly of bis(crown)stilbenes into unusual bis-sandwich complexes: structure and stereoselective [2+2] photocycloaddition (New J. Chem.)
http://pubs.rsc.org/en/Content/ArticleLanding/2011/NJ/C0NJ00780C

Solution processable high band gap hosts based on carbazole functionalized cyclic phosphazene cores for application in organic light-emitting diodes (J. Polym. Sci. B)
http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/polb.22197/abstract

2011/03/01

[GAMESS] 1-oxo-1-phosphacyclohept-2-ene (1-オキソ-1-ホスファシクロヘプト-2-エン)

GAMESS calculation results - kyoroski
http://www8.ocn.ne.jp/~ymakioka/

[GAMESS] GAMESSでかんたん(?)分子軌道計算…その1:インストールから計算実行まで。ただしMac版。
http://kyoroski.blogspot.com/2010/08/gamess-gamess1mac.html

DFT-geometrical optimization of 1-oxo-1-phosphacyclohept-2-ene (1-オキソ-1-ホスファシクロヘプト-2-エン) was performed at the B3LYP/6-31G(d) level. Then energy levels were calculated at the same level.

Content of the input file from here -----
! DFT, B3LYP/6-31G(d), optimization
$CONTRL DFTTYP=B3LYP SCFTYP=RHF RUNTYP=OPTIMIZE $END
$SYSTEM TIMLIM=600000 MEMORY=80000000 $END
$STATPT OPTTOL=0.0001 NSTEP=100 PROJCT=.FALSE. $END
$BASIS GBASIS=N31 NGAUSS=6 NDFUNC=1 $END
$GUESS GUESS=HUCKEL $END
$SCF DIRSCF =.TRUE. $END

$DATA

C1
C 6.0 -4.6568315396 -0.4677104129 -0.7499226040
P 15.0 -5.3647685061 2.1873092427 -1.3000555931
C 6.0 -4.3429288887 0.8364490962 -0.8047942647
H 1.0 -3.3506724947 1.1273673659 -0.4700774700
O 8.0 -5.0153589228 3.5509790798 -0.7477087884
C 6.0 -6.9477287372 1.6898521838 -0.5514969152
H 1.0 -5.4752677556 2.0997996108 -2.7036383339
C 6.0 -5.9353694815 -1.1568624915 -1.1373784067
H 1.0 -3.8885735747 -1.1420379555 -0.3672780795
C 6.0 -6.8961041372 -0.4037858360 -2.0563218040
H 1.0 -5.6445757150 -2.0761054323 -1.6631859386
H 1.0 -6.4567897749 -1.4768305038 -0.2277256179
C 6.0 -7.7302447221 0.6837390689 -1.3812631807
H 1.0 -8.4988706425 0.2244632739 -0.7487136389
H 1.0 -8.2672678621 1.2248367297 -2.1708974731
H 1.0 -6.3468102283 0.0173334766 -2.9066815416
H 1.0 -7.5956958659 -1.1304550590 -2.4900511006
H 1.0 -6.7641430175 1.3019802284 0.4572486034
H 1.0 -7.5608010060 2.5899825281 -0.4281063524
$END
to here -----

Results of geometrical optimization...
HOMO-2 (-7.37 eV):

1-oxo-1-phosphacyclohept-2-ene_homo-2.png

HOMO-1 (-6.91 eV):

1-oxo-1-phosphacyclohept-2-ene_homo-1.png

HOMO (-6.80 eV):

1-oxo-1-phosphacyclohept-2-ene_homo.png

LUMO (-0.46 eV):

1-oxo-1-phosphacyclohept-2-ene_lumo.png

Molecule modeling: Avogadro
http://avogadro.openmolecules.net/wiki/Main_Page
Geometry optimization and energy calculation: GAMESS-US
http://www.msg.chem.iastate.edu/gamess/
Structure display: MacMolPlt
http://www.scl.ameslab.gov/MacMolPlt/

第145回 カチオン振動解析通過

基本構造のコンフォメーションはこれでよいようで。置換基をつけたものをシミュレートする予定。遷移状態は未だ見つからず、何度トライしても原系か生成系になるだけ。時間が足りない。

☆Done
TDDFT4ジョブ投入・2ジョブ解析、雑務。

☆レガシーメディア
来年度の産機機種別受注、3年ぶり5兆円突破-産機工見通し(日刊工業新聞)
http://www.nikkan.co.jp/news/nkx0120110301bcbf.html

東工大、1秒間に150コマ撮影できるステレオカメラシステム開発(日刊工業新聞)
http://www.nikkan.co.jp/news/nkx0720110301aaar.html

☆Weblog
第1120回 政権交代ドミノ(代表戸締役 ◆jJEom8Ii3Eの妄言)
http://blogs.yahoo.co.jp/daitojimari/62913129.html

三菱化学と旭化成、水島地区エチレンセンター統合のためのLLP設立(化学業界の話題)
http://knak.cocolog-nifty.com/blog/2011/03/post-f3d7.html

2011年2月発刊の有機化学関連書籍(気ままに有機化学)
http://chemistry4410.seesaa.net/article/188291500.html

☆論文・総説
Organoiodine(V) Reagents in Organic Synthesis (J. Org. Chem.)
http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/jo1024738

Syntheses, and Optical, Fluorescence, and Nonlinear Optical Characterization of Phosphine-Substituted Terthiophenes (Inorg. Chem.)
http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/ic101624y

Carbonyl Complexes of Platinum(0): Synthesis and Structure of [(Cy3P)2Pt(CO)] and [(Cy3P)2Pt(CO)2] (Inorg. Chem.)
http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/ic102200t